Različite metode farmaceutske kontrole kvalitete uključuju, ali nisu ograničene na, inspekcije koje provode vladine agencije, izradu i poštivanje detaljnog standardnog operativnog postupka (SOP), te periodično prikupljanje i testiranje proizvoda od strane zaposlenika tvrtke. Inspekcija objekata farmaceutskih tvrtki i analize proizvoda koje provode vanjske agencije među najboljim su metodama kontrole kvalitete. Farmaceutska kontrola kvalitete uključuje osiguravanje čistoće objekata, kalibracije i učinkovitosti laboratorijske opreme, poštivanja postupaka radnika i stupnja čistoće sastojaka.
Jedna uobičajena metoda farmaceutske kontrole kvalitete je masena spektrometrija plinskom kromatografijom. Masena spektrometrija plinskom kromatografijom uključuje podvrgavanje smjese, kao što je lijek ili lijek, kemijskoj analizi u kojoj se identificira i prikazuje jedinstveni potpis i količina svake tvari u lijeku. Ovaj test će točno pokazati količinu specifičnih kemikalija prisutnih u proizvodu. Iako je ovo samo jedna od različitih metoda farmaceutske kontrole kvalitete, plinska kromatografija masena spektrometrija je vrlo točna i relativno jednostavna za izvođenje.
Tvrtke koje proizvode lijekove za prodaju i distribuciju u Sjedinjenim Državama podliježu strogim pravilima i postupcima koje provodi Uprava za hranu i lijekove (FDA). Tvrtke moraju registrirati i navesti svaki aktivni farmaceutski sastojak u komercijalnoj distribuciji. Nadalje, FDA zahtijeva od farmaceutskih tvrtki da kontroliraju i nadziru sve moguće načine kontaminacije proizvoda, kako mikrobne tako i kemijske, u SOP-u.
Zaposlenici koji rade u proizvodnji lijekova moraju poznavati i slijediti utvrđene laboratorijske smjernice kao što je jasno navedeno u SOP-u. Jedan od najvažnijih od njih je pomna pažnja na vođenje laboratorijskih zapisa i dnevnika. Ti se dnevnici pažljivo provjeravaju tijekom inspekcija. Od zaposlenika se očekuje da dobro poznaju sve analitičke postupke i da ih u potpunosti provode s vjernošću. Pranje ruku i korištenje laboratorijskih pregača i rukavica bili bi tipični postupci koje bi radnici trebali slijediti kako bi osigurali kontrolu kvalitete.
Iako mnoge farmaceutske tvrtke imaju visoke standarde kontrole kvalitete i ulažu sve napore da ponude izvanredan proizvod, to nije uvijek slučaj. Integritet farmaceutskog proizvođača nije jamstvo, a krivotvoreni lijekovi se proizvode i uspijevaju prodati u renomiranim ljekarnama. Inspektori su često u zaostatku i ne posjećuju tvrtku mjesecima, a tvrtke s prekršajima obično su kažnjene novčano i opomenute prije nego što budu prisiljene na zatvaranje. Nikada ne škodi pitati svog ljekarnika od kojih farmaceutskih tvrtki naručuju, a zatim malo istražiti reputaciju tih tvrtki prije kupnje lijeka.