Biodizel je tvar koja je slična dizelu na bazi nafte, osim što se proizvodi od biljnih izvora kao što su mikroalge i kokos umjesto nafte. Iako se biodizel može prirodno pojaviti pod određenim okolnostima, te su okolnosti rijetke i mogu potrajati godinama. Biodizelski reaktor skraćuje vrijeme i čini proces poluautomatiziranim ili potpuno automatiziranim tako da se mogu stvoriti komercijalne količine biodizela. Postoje dvije glavne vrste biodizel reaktorskih jedinica: smične i ultrazvučne. Oba rade na biodizelu na različite načine, ali oba vode do stvaranja velikih količina biodizela uz malo rada operatera reaktora.
Sav biodizel počinje kao sirovina na biljnoj bazi. Neke sirovine uključuju mikroalge, kokos i korištena ili djevičanska biljna ulja. Biodizel reaktor tada radi na sirovini kako bi izazvao kemijsku reakciju zvanu transesterifikacija. U ovom procesu, sirovina se razdvaja na dvije tvari: glicerin i metil estere.
Glicerin je nusprodukt procesa i slatki je alkohol. Nakon proizvodnje, glicerin se inače koristi u drugim industrijama za stvaranje hidratantnih krema ili sapuna, tako da se glicerin ne rasipa niti baca. Druga tvar, metil ester, kemijski je naziv za biodizel. U ovoj fazi biodizel se dalje rafinira za stvaranje drugih biogoriva, miješa se s naftnim dizelom kako bi se stvorila mješavina dizela koja nudi i održivost i upotrebljivost na niskim temperaturama, ili se koristi odmah bez mješavine ili dodatne obrade.
Ultrazvučni biodizelski reaktor koristi ultrazvučne valove za stvaranje mjehurića sirovine za biodizel. Mjehurići se stvaraju i kolabiraju zbog ultrazvučnih valova, uzrokujući reakciju topline i tlaka zbog čega se sirovina transesterifikuje. Ultrazvučni biodizelski reaktor obično se koristi za velike ili komercijalne potrebe, jer te jedinice teško stvaraju manje količine biodizela. Ove jedinice također zahtijevaju manje posla od operatera i rade automatskim tempom od smicanja reaktora.
Smični biodizelski reaktor koristi se u laboratorijima kojima su potrebne male količine biodizela za testiranje, može ga koristiti u kući kvalificirana osoba, a također se može povećati za komercijalnu upotrebu. Ove jedinice koriste toplinu i smanjuju veličinu kapljica sirovine biodizela kako bi izazvale transesterifikaciju. Za proizvodnju biodizela obično je potrebno od 30 minuta do četiri sata, ovisno o jedinici. Ove jedinice zahtijevaju više rada od operatera, ali sama jedinica je svestranija u stvaranju različitih prinosa i radi bolje s krutom sirovinom od ultrazvučnih biodizel reaktorskih jedinica.