AY kromosom je jedan od spolnih kromosoma kod ljudi i drugih sisavaca, s genetskim kodom koji određuje hoće li organizam biti genetski muški ili ženski. Prisutnost Y kromosoma obično uzrokuje da netko bude muškarac, osim u slučaju određenih genetskih poremećaja. Komplementarni kromosom je X kromosom; žene općenito imaju dva X kromosoma u svom kariotipu, dok muškarci nasljeđuju X i Y.
Nemaju svi organizmi spolne kromosome, a oni koji imaju mogu imati kompliciran sustav nasljeđivanja kada je u pitanju spol. Ovaj se članak posebno fokusira na ulogu Y kromosoma u ljudi. Vjeruje se da su u početku preci ljudi naslijedili dva u osnovi identična spolna kromosoma, a s vremenom su se razišli u X i Y kromosom. Y kromosom je nešto kraći od kromosoma X, a prvenstveno sadrži genetski materijal vezan za muške spolne karakteristike.
Jedan od najvažnijih gena među 58 milijuna parova baza na Y kromosomu je SRY gen, koji određuje formiranje testisa. Kada se testisi formiraju, događa se kaskadni niz reakcija jer oni proizvode spolne hormone poput testosterona, pridonoseći razvoju sekundarnih spolnih karakteristika poput dlaka u prsima i dubokog glasa. Genetski materijal u ovom kromosomu čini oko 2% genetskog materijala u bilo kojoj stanici, relativno mala količina, a povijesni dokazi sugeriraju da je nekoć bila veća i da se zapravo smanjuje s vremenom.
Genetski poremećaji koji uključuju ovaj kromosom obično uzrokuju probleme s plodnošću ili razvojem spolnih karakteristika. U nekim slučajevima ljudi nasljeđuju dodatni X kromosom, što završava s kariotipom XXY i stanjem zvanim Klinefelterov sindrom. Subjekt je muškarac, ali može imati problema s plodnošću i druge probleme.
Muškarci svoje Y kromosome prenose na svoje sinove, a ako imaju genetske poremećaje na Y kromosomu, i njihovi sinovi će imati te poremećaje. Nasuprot tome, ako su nositelji genetskih poremećaja vidljivih na X kromosomu i imaju kćeri, njihove će kćeri također postati nositeljice i mogu biti u opasnosti od razvoja poremećaja ako je dominantan ili ako naslijede drugu kopiju defektnog gena od njihove majke. Jedan primjer spolno vezanog genetskog poremećaja je hemofilija, stanje koje se prvenstveno viđa kod muškaraca koji nasljeđuju jedan defektni X kromosom i nemaju odgovarajući alel na Y kromosomu koji bi inhibirao ekspresiju štetnog gena.