Biodizel je vrsta dizela stvorenog od organskih komponenti kao što su životinjske masti, djevičanska ili rabljena ulja za kuhanje i mnoge biljke. Biodizel za mikroalge kao sirovinu koristi vrstu algi koja se naziva mikroalge. Ova vrsta biodizela ima nekoliko prednosti, kao što je stvaranje održivog oblika dizela i smanjenje emisije ugljika. Postoje i nedostaci, kao što je potrebno više zemlje za stvaranje algi i upitna učinkovitost.
Alge dolaze u dvije različite vrste: makroalge i mikroalge. Najveća razlika između ova dva se svodi na veličinu, jer se makroalge mjere u inčima ili centimetrima, dok su mikroalge jednostanične ili se sastoje od samo jedne stanice. Unatoč tome što su makroalge veće, ne koristi se za biodizel. To je zato što ulja koja čine makroalge nisu prikladna za stvaranje biodizela; samo mikroalge imaju prava ulja za proizvodnju biodizela.
Neki od najtežih usjeva koji se koriste za proizvodnju biodizela su jatrofa, kokos i palmino ulje. Jatropha proizvodi 202 galona (764 litre) ulja po jutru (376 metara4), kokos daje 287 galona (1.08 kilolitara) po jutru, a palmino ulje proizvodi 636 galona (2.4 kilolitra) po hektaru. Mikroalge su patuljaste sve ove proizvodeći od 6,283 galona do 14,641 galona (23.7 do 55.4 kilolitara) po hektaru.
Ne samo da ovaj visoki prinos čini biodizel iz mikroalgi održivim, već znači da će se morati uzgajati manje biljaka za značajan prinos biodizela. Mikroalge također mogu rasti gotovo svugdje, tako da nema potrebe za posebnim poljima ili područjima u kojima bi se alge uzgajale. Mikroalge se također mogu hraniti emisijom ugljika, čime se smanjuje ugljični otisak gdje god se alge uzgajaju.
Iako to čini biodizel od mikroalgi privlačnim, postoje neki nedostaci prelaska na ovu vrstu dizela. Kako bi se stvorilo dovoljno biodizela za svjetsku potrošnju, poljoprivredna zemljišta morat će se prenamijeniti za uzgoj mikroalgi i bit će potrebno više poljoprivrednih površina kako bi se zadovoljile rastuće potrebe za dizelom. Mikroalge također ispuštaju više dušikovog oksida nego dizel na bazi nafte. Kao biodizel, biodizel od mikroalgi ne može se transportirati kroz cijevi; može se samo prevoziti kamionom ili željeznicom, što povećava cijenu.
Uz to, biodizel od mikroalgi ne teče dobro na niskim temperaturama, niti se dobro ponaša na niskim temperaturama jer se zgušnjava. Ukupni učinak biodizela od mikroalgi također je niži. To znači da će ekonomičnost goriva također biti negativno pogođena jer je manja energetska učinkovitost i stoga je potrebno više biodizela od mikroalgi za pogon motora.