Kako bi se spriječili problemi kao što su kamenac i onečišćenje, voda se obično tretira prije nego što uđe u kotao. Ova napojna voda za kotao može biti podvrgnuta raznim različitim procesima uključujući odzračivanje, filtriranje i predgrijavanje. Kaustični elementi, kao što su ugljični dioksid i kisik, mogu oštetiti unutarnje komponente kotla ili povezane cijevi i cijevi, a talog u napojnoj vodi kotla može smanjiti učinkovitost sustava ili rezultirati nakupljanjem mulja. Napojna voda kotla može biti podvrgnuta različitim količinama kondicioniranja ovisno o sustavu, iako većina primjena koristi jednu ili više metoda. Voda koja se koristi u proizvodnji električne energije obično je podvrgnuta većini mogućih metoda kondicioniranja i također se prethodno zagrijava prije nego što uđe u kotlove.
Kotao je zatvorena posuda koja se može koristiti za stvaranje tople vode ili pare koja se zatim može koristiti u raznim procesima. Zbog tlaka i topline, sve nečistoće ili onečišćenja u napojnoj vodi kotla mogu stvoriti probleme u grijanoj posudi ili aparatu u koji šalje toplu vodu. Razne emisije uzrokovane neobrađenom napojnom vodom mogu smanjiti učinkovitost kotla ili ga čak uništiti, zajedno s rashladnim rebrima ili drugim cijevima i cijevima kroz koje prolazi topla voda ili para.
Vapno i drugi sedimenti mogu dovesti do problema s nakupljanjem kamenca ili mulja. Primarni problemi povezani s kamencem i muljem odnose se na prijenos topline, što može dovesti do manje učinkovitosti kotla. Zagađena jedinica možda neće dovoljno zagrijati vodu ili može zahtijevati prekomjernu toplinu za stvaranje pare. Ako se ljestvica proširi na druge dijelove sustava, oni također mogu patiti od smanjene učinkovitosti. U sustavu grijanja bojlera to se može očitovati u radijatorima koji ne generiraju dovoljno topline, a ozbiljno nakupljanje može u potpunosti blokirati cirkulaciju unutar sustava.
Drugi problem koji može biti uzrokovan nepravilnim kondicioniranjem napojne vode u kotlu je korozija. Primarni elementi uključeni u ovu vrstu korozije su ugljični dioksid i kisik, koji se obično otapaju u vodi iz zraka. Odzračivanje se može koristiti za uklanjanje većeg dijela kisika i ugljičnog dioksida u vodi, iako se također mogu koristiti kemijski pročistači kisika. Napojna voda kotla obično se također mora prilagoditi određenoj razini alkalnosti, budući da će doći do bilo kakve oksidacije ako je pH niži od devet. Ako se ovi koraci ne poduzmu, metalne komponente kotlovskog sustava mogu korodirati i mogu procuriti ili otkazati pod pritiskom.