Iako ima svojih prednosti, javni prijevoz ima i niz problema. Mnoga vozila javnog prijevoza su, na primjer, pretrpana, što može olakšati širenje bolesti. Korištenje javnog prijevoza nekima također može biti neugodno ili nezgodno. Također, u nekim područjima, vlade mogu otkriti da troškovi rada i održavanja javnog prijevoza nadmašuju prihod koji se njime ostvaruje.
Mnogi ljudi vjeruju da je jedan od najvećih problema javnog prijevoza nedostatak privatnosti. Neki vjeruju da su autobusi i podzemne željeznice jednostavno pretrpani. U osobnom vozilu, s druge strane, to obično nije problem. Osoba se može voziti ili voziti do svog odredišta bez da je drugi ljudi udare ili općenito uznemire.
Klice su još jedan od ozbiljnijih problema javnog prijevoza. Budući da su ljudi često u neposrednoj blizini jedni drugima, oni su više izloženi riziku od bolesti kada se koriste javnim prijevozom nego osobnim vozilom. Virusi prehlade i gripe, na primjer, mogu se prenijeti s jedne osobe na drugu bilo izravnim kontaktom s kontaminiranom površinom ili iz zraka, na primjer kada osoba kihne. Prije i nakon vožnje javnim prijevozom preporuča se pranje ruku ili korištenje dezinfekcijskih sredstava za ruke.
Biti zatvoren u tako skučenom prostoru s nekoliko drugih ljudi također je za neke prilično neugodno. Ova ugrožena udobnost često se smatra još jednim od problema javnog prijevoza. Također, ako je u autobusu ili podzemnoj željeznici previše hladno ili toplo, u osobnom vozilu mogu se uključiti grijači ili klima uređaji. Korištenje osobnog vozila također dolazi s luksuzom slušanja glazbe ili vijesti na radiju tijekom putovanja.
Uz ostale probleme javnog prijevoza, mnogi ljudi ne koriste javni prijevoz jer im je to nezgodno. Mnoga vozila javnog prijevoza voze po striktnom rasporedu, a ta vremena zaustavljanja neće se uvijek podudarati s rasporedom osobe. Također, ako autobus ili vlak kasni, svi putnici će također kasniti. Prilikom korištenja osobnog vozila za prijevoz, vozač sam kontrolira kamo i kada negdje ide.
Jedan od najvećih problema javnog prijevoza za neke lokalne samouprave su troškovi rada i održavanja ovih sustava. Neki od tih troškova uključuju gorivo, plaće vozača i održavanje vozila. U područjima s malom populacijom prihod od putnika možda neće uvijek biti dovoljan za pokrivanje ovih troškova. Državni će novac tada često biti potreban za pokrivanje razlike.