Liječnici dječje interne medicine mogu se odlučiti za nastavak studija odabirom jedne ili više podspecijaliteta. Poput liječnika koji se usredotočuju na bolesti odraslih, pedijatri mogu odabrati medicinsku specijalnost iz brojnih područja. Endokrinologija, gastroenterologija, zarazne bolesti, hematologija, onkologija i reumatologija među najpopularnijim su podspecijalnostima koje biraju liječnici dječje interne medicine.
Endokrinolozi su specijalizirani za bolesti koje utječu na žlijezde i proizvodnju hormona u tijelu. Juvenilni dijabetes je jedan primjer bolesti žlijezda; uzrokovana je nesposobnošću gušterače da proizvede adekvatnu količinu inzulina, koji je tijelu potreban za iskorištavanje šećera u krvi. Ostala stanja koja bi dječji endokrinolog mogao liječiti uključuju poremećaje štitnjače, hipofize ili nadbubrežne žlijezde. Endokrinolog također može liječiti pacijente s poremećajima koji uključuju testise ili jajnike, osobito probleme koji se razvijaju oko vremena puberteta. Pedijatrijski endokrinolozi također liječe djecu koja ne rastu pravilno ili imaju problema s težinom.
Gastroenterolozi liječe probleme koji zahvaćaju probavni sustav, usredotočujući se prvenstveno na poremećaje koji utječu na crijeva, želudac i crijeva. Gastroenterološka praksa također uključuje poremećaje koji zahvaćaju žučni mjehur, jetru i gušteraču. Žutica, hepatitis i kolitis su među bolestima koje može liječiti dječji gastroenterolog.
Liječnici specijalizirani za zarazne bolesti koncentriraju se na bolesti koje potiskuju imunološki sustav. Bolesti mogu biti uzrokovane virusom, parazitima, bakterijama ili gljivicama. Stručnjaci za zarazne bolesti stručnjaci su za to kako se infekcije šire, kako se imunološki sustav tijela bori protiv infekcija i lijekove koji se koriste za liječenje infekcija. Neki pedijatrijski liječnici za zarazne bolesti odlučuju se specijalizirati za pacijente rođene s virusom humane imunodeficijencije (HIV). Drugi se usredotočuju na bolesti koje su najraširenije među djecom, kao što su difterija i ospice.
Hematolozi liječe bolesti koje utječu na krv, kao što su bolest srpastih stanica i anemija. Onkolozi su stručnjaci za liječenje raka. Neki liječnici pedijatrijske interne medicine odlučuju kombinirati to dvoje i biraju pedijatrijsku hematologiju/onkologiju kao podspecijalnost. Ovi liječnici liječe djecu s leukemijom, tumorima i rakom.
Iako je reumatologija prvenstveno proučavanje mišića, kostiju i zglobova, neki pedijatrijski reumatolozi inkorporiraju podspecijalnost s pedijatrijskom internom medicinom. Bolesti poput juvenilnog reumatoidnog artritisa uzrokovane su defektom u imunološkom sustavu tijela, iako su učinci najizraženiji u zglobovima bolesnika; gotovo 300,000 djece u SAD-u boluje od juvenilnog artritisa. Pedijatrijski reumatolozi također liječe bolesnike s reumatskom groznicom, Kawasakijevom bolešću, lupusom i Raynaudovom bolešću.