Najčešće nuspojave mikrodermoabrazije mogu biti blaga iritacija kože, povećanje akni i promjena boje kože. Osobe s osjetljivom kožom obično su sklonije nuspojavama mikrodermoabrazije nego osobe koje nemaju osjetljivu kožu. Čini se da je nuspojava promjene boje kože također izraženija kod ljudi koji prirodno imaju tamniju kožu. Osobe koje imaju mikrodermoabraziju za pomoć kod simptoma akni i ožiljaka od akni mogu također imati više izbijanja nego inače nekoliko tjedana nakon zahvata. Većina nuspojava mikrodermoabrazije su privremene i nestaju nakon što koža ima vremena zacijeliti.
Vjerojatno je vrlo malo ljudi koji nakon mikrodermoabrazije ne dožive neku iritaciju kože. Kada se radi mikrodermoabrazija uklanja se cijeli gornji sloj kože. To obično uzrokuje iritaciju kože koju bi mnogi ljudi smatrali sličnim opeklinama od sunca. Crvenilo, svrbež i ljuštenje ili ljuštenje kože nuspojave su mikrodermoabrazije koje često prijavljuju ljudi koji su upravo obavili postupak. Nakon što koža ima priliku zacijeliti, ove nuspojave obično nestaju.
Mnogi ljudi rade mikrodermoabraziju kako bi pomogli s aknama. Iz tog razloga, za ove ljude može biti iznenađenje kada se akne pogoršavaju neposredno nakon postupka mikrodermoabrazije. Iako mikrodermoabrazija često može uvelike pomoći i aknama i ožiljcima od akni, akne se pogoršavaju neposredno nakon zahvata zbog traume na koži i zato što mikrodermoabrazija pomaže u otčepljivanju pora. Kada se pore otčepe mikrodermoabrazijom, bakterije se normalno oslobađaju iz pora, a te se bakterije mogu zadržati na površini kože, privremeno povećavajući vjerojatnost nastanka akni. Većina ljudi izjavljuje da ova nuspojava mikrodermoabrazije nestaje unutar nekoliko tjedana nakon završetka postupka.
Promjena boje kože mogla bi biti najproblematičnija od svih nuspojava mikrodermoabrazije. Ljudi koji imaju svjetliju kožu obično ne doživljavaju ovaj problem u velikoj mjeri, ali ljudi s tamnijom kožom često ga imaju. Nakon mikrodermoabrazije, osoba s tamnom kožom mogla bi primijetiti da ima neke svijetle mrlje tamo gdje ih prije nije bilo. Ova promjena boje često nije trajna, ali može potrajati dosta dugo prije nego što se ton kože vrati u normalu. Mnogi ljudi se mogu nositi s ovom nuspojavom korištenjem pudera na svojoj koži kako bi joj dali ravnomjerniju boju.