Iako ne postoji siguran način da se potpuno izbjegne trovanje hranom školjkama, postoje koraci koje treba poduzeti kako bi konzumacija bila relativno sigurna. Trovanje hranom školjkama najčešće se događa kada se konzumiraju školjke iz vode koja može biti kontaminirana crvenim plimama ili koja je nedavno kontaminirana. Komercijalna industrija školjkaša je regulirana, a rad se redovito provjerava, što većinu komercijalno pripremljenih školjaka čini sigurnima za jelo. Većina trovanja hranom školjkama događa se kada amateri skupljaju i jedu kontaminirane školjke. Također je rizično jesti sirove ili nedovoljno kuhane školjke.
Kao i svaka druga hrana, školjke se nepravilnim rukovanjem mogu kontaminirati bakterijama i štetnim mikroorganizmima. Školjke uvijek treba nabavljati iz renomiranih izvora. Nikada nemojte jesti školjke ako niste sigurni u njihov izvor. Sve morske plodove treba pripremati opranim rukama i čistim priborom te u čistom radnom prostoru. Temeljito kuhanje školjki ubit će mnoge štetne mikroorganizme.
Ponekad školjke mogu sadržavati toksine koji su toplinski stabilni i ne mogu se ukloniti kuhanjem. Najbolje je izbjegavati jesti školjke tijekom toplih ljetnih mjeseci, osobito ako su crvene plime bile jake. Tijekom crvene plime, populacije fitoplanktona postaju toliko brojne da njihova tijela uzrokuju da voda izgleda crvenkasto. Proizvodi se prirodni toksini koje školjke mogu progutati. Budući da su školjke filter hranilice, njihova tijela mogu akumulirati toksine i uzrokovati bolesti ljudi ili životinja koje ih jedu.
Trovanje hranom školjkama također se može dogoditi kada su školjke kontaminirane virusom hepatitisa A ili Norwalk. Osim toga, postoje četiri prepoznate vrste trovanja školjkama zbog prirodnog nakupljanja toksina. Amnezija i neurotoksično trovanje školjkama mogu uzrokovati bolest, ali nema poznatih smrtnih slučajeva. Izbijanje trovanja školjkama u obliku amnezije 1987. u istočnoj Kanadi imalo je stopu smrtnosti od 3 posto. Paralitičko trovanje školjkama je najsmrtonosnije, sa stopom smrtnosti od 1 do 12 posto.
Određene populacije su pod povećanim rizikom od trovanja hranom školjkama. To uključuje djecu i starije osobe, osobito ako imaju oslabljen imunološki sustav. Većina slučajeva trovanja školjkama prolazi sama od sebe, ali treba potražiti liječničku pomoć ako se sumnja na trovanje hranom školjkama. Simptomi nekih vrsta trovanja mogu se pojaviti unutar nekoliko minuta nakon konzumiranja školjki i uključuju trnce ili pečenje usana i jezika, mučninu i bolove u trbuhu. Druge vrste trovanja školjkama, poput hepatitisa A, mogu potrajati nekoliko tjedana dok se simptomi ne pojave.
Iako se učestalost crvenih plima i oseke i dalje povećava, važno je zapamtiti da je većina konzumacije školjki savršeno sigurna. Kako komercijalno dobivene školjke podliježu strogim propisima u pogledu prakse, javnost i dalje uživa u školjkama bez pretjerane brige. Općenito, nutritivne prednosti konzumiranja školjki obično nadmašuju svaki rizik od trovanja, osobito ako se školjke kupuju komercijalno i temeljito kuhaju.