Dva su glavna rizika povezana sa seksom bez kondoma. Kada je seks između muškarca i žene, trudnoća je vrlo realna mogućnost. U svim slučajevima, bavljenje seksom bez kondoma povećava rizik od zaraze spolno prenosivom bolešću (STD). Kondomi ne nude savršenu zaštitu od infekcije spolno prenosivim bolestima, ali zaštita koju nude varira od dobre do izvrsne, ovisno o bolesti o kojoj je riječ. Rizik od zaraze spolno prenosivim bolestima uvijek je veći kada se upuštate u seks bez kondoma.
Kondomi su, prije svega, oblik kontrole rađanja, a seks bez kondoma ili drugog oblika kontrole rađanja često može dovesti do trudnoće. Kada se kondomi od lateksa koriste ispravno i dosljedno, vrlo su učinkoviti u sprječavanju začeća. Tipičan zdrav par koji se upušta u seksualne odnose na razumno redovitoj osnovi ima, u prosjeku, 20% šanse da će zatrudnjeti svaki mjesec, što rezultira gotovo 100% šanse začeća tijekom cijele godine. Kada par pravilno i dosljedno koristi kondome, šansa za začeće je 2% do 3%, što je vrlo značajno smanjenje.
Drugi veliki rizik od seksa bez kondoma je mogućnost infekcije spolno prenosivim bolestima. Preko desetak različitih infekcija može se prenijeti spolnim kontaktom. Korištenje kondoma pomaže u prevenciji svih vrsta spolno prenosivih bolesti, ali je najučinkovitije u sprječavanju širenja HIV/AIDS-a. HIV je vrlo krhak virus i obično se širi samo kada tjelesna tekućina koja sadrži virus uđe u novog domaćina, općenito kroz pukotine na koži ili kontakt sa sluznicama. Ispravna uporaba kondoma vrlo je učinkovita u sprječavanju ove vrste prijenosa.
Druge vrste spolno prenosivih bolesti su robusnije od HIV/AIDS-a i lakše su zaraziti nove domaćine. Herpes simplex virus može zaraziti novog domaćina jednostavno putem kontakta s kožom, kao i virus koji uzrokuje genitalne bradavice. Seks bez kondoma povećava vjerojatnost da će se takve infekcije prenijeti jer je više kože izloženo, povećavajući izglede za prijenos infekcije. Korištenje kondoma, međutim, nije u potpunosti učinkovito u sprječavanju prijenosa ove vrste spolno prenosivih bolesti.
Muški kondomi općenito su učinkovitiji u sprječavanju širenja spolno prenosivih bolesti, jer nude bolju barijeru protiv prijenosa tjelesnih tekućina i infekcija nego ženski kondomi. Ženski kondomi su, međutim, vrlo učinkoviti u sprječavanju trudnoće. Obje vrste kondoma mogu puknuti, najčešće kada se koriste nepravilno, ali taj je rizik mali, a rizici povezani sa seksom bez kondoma su puno veći i ozbiljniji.