Jedna od najčešćih metoda čišćenja probavnog sustava je nekoliko sati ili nekoliko dana gladovanje. Neke tvari, poput aktivnog ugljena, također se mogu unijeti da apsorbiraju toksine i druge štetne tvari u probavnom traktu. Za čišćenje donjeg dijela probavnog trakta vrlo su učinkovite i klistire i zahvati hidroterapije debelog crijeva. Međutim, jedan od najučinkovitijih načina održavanja probavnog trakta čistim i u ispravnom stanju jest zdrava uravnotežena prehrana koja uključuje puno vlakana.
Izbacivanje krute hrane iz prehrane, odnosno post, često je jedna od poželjnih metoda za čišćenje probavnog sustava. Odsutnost krutog otpada u probavnom traktu navodno omogućuje tijelu da izbaci sve toksine koji su se tamo nakupili. No, dugotrajni post obično se ne preporučuje, a većina ljudi općenito ne posti duže od 12 do 24 sata. Pokušaj posta dulje od nekoliko dana može biti opasan.
Kada posti, osobi se obično savjetuje da ostane hidrirana pijenjem vode. No, voćni sok se također može koristiti za čišćenje probavnog sustava. Tijekom ove vrste posta osoba obično pije samo vodu i voćne sokove.
Tablete s aktivnim ugljenom i bentonitnom glinom također se mogu koristiti za čišćenje probavnog sustava. Kada se progutaju, ovi spojevi mogu apsorbirati toksine, kao što su teški metali i pesticidi, te opasne mikroorganizme koji su prisutni u probavnom traktu. Oni se zatim izlučuju iz tijela u izmetu. Međutim, oba ova spoja mogu uzrokovati neke nuspojave, uključujući zatvor.
Klistiranje i zahvati hidroterapije debelog crijeva druge su metode čišćenja probavnog trakta. Međutim, ove se metode obično koriste samo za čišćenje donjeg dijela probavnog trakta. Klistir općenito uključuje istiskivanje tople vode u rektum. Na taj način pomažete izbaciti toksine i otvrdnuli izmet iz tijela.
Hidroterapija debelog crijeva ponekad se naziva irigacija debelog crijeva. Ovaj postupak općenito uključuje stavljanje sterilnog crijeva u rektum i ispiranje donjeg crijeva toplom vodom. Za razliku od klistiranja, koja čisti samo donji dio donjeg dijela crijeva, hidroterapija debelog crijeva obično čisti cijeli donji dio crijeva.
Najučinkovitija metoda čišćenja probavnog sustava i sprječavanja nakupljanja toksina, međutim, uključuje zdravu uravnoteženu prehranu. Masnu hranu i rafinirane šećere ne treba jesti, ili barem jesti umjereno. Čovjek bi također trebao paziti da dobiva adekvatnu količinu vlakana, koja su neophodna za zdrav probavni sustav i redovito pražnjenje crijeva. Prirodni izvori vlakana uključuju povrće, voće i cjelovite žitarice.