Endemska malarija je malarija koja ostaje prirodno i dosljedno prisutna u regiji jer postoji mnogo vektora bolesti, osiguravajući da se ona nastavi prenositi kroz društvo. Zemlje u kojima je malarija endemična prvenstveno se nalaze u tropima i obično su zemlje u razvoju s ograničenom javnozdravstvenom infrastrukturom za borbu protiv bolesti. Borba protiv malarije u cijelom svijetu uključila je fokus na rješavanje endemske malarije s ciljem njezinog iskorjenjivanja iz ovih regija kako bi se eliminirali prirodni rezervoari bolesti.
Malarija postaje endemska za nekoliko regija. Ovaj parazit zahtijeva komarce određenih vrsta kao dio svog životnog ciklusa i stoga ne može postati endem u regijama u kojima te vrste nisu podržane. Tropi su obično vrlo gostoljubivi za komarce zbog topline i obilnih zaliha stajaće vode. U regijama gdje je kontrola komaraca ograničena, može biti teško spriječiti zaražene kukce da ugrizu ljude i prenesu infekciju dalje.
Ako ljudska populacija koristi profilaksu malarije, ti ugrizi nisu problem, jer paraziti ne mogu preživjeti u svom tijelu. Nedosljedna ili nepostojeća uporaba profilakse, međutim, stvara put za pojavu infekcija malarije, a zaraženi pacijenti će produžiti životni ciklus parazita, s komarcima koji se hrane njima i skupljaju zaraženu krv, te tako nastavljaju bolest. Ljudi također putuju, donoseći parazita dok odlaze i stvarajući beskrajnu ponudu novih vektora.
Napori u suzbijanju endemske malarije uključuju pokušaje ograničavanja populacije komaraca i kontakta između insekata i ljudi, kao što je korištenje pesticida, provjera domova i kreveta kako bi se spriječilo da insekti uđu unutra, i doziranje ljudima spojeva za koje se zna da uzrokuju neplodnost kod komaraca, čime se sprječava kukci iz uzgoja. Pružanje pristupačne profilakse i liječenja malarije još je jedna mjera za rješavanje ovog problema. Putnicima u regije s endemskom malarijom obično se savjetuje da uzimaju profilaktičke lijekove kako ne bi nosili virus kući sa sobom.
U zemljama u kojima je javna zdravstvena infrastruktura neuređena i slabo podržana, teško se boriti protiv endemske malarije. Možda postoje regije u kojima ljudi imaju virus pod kontrolom, ali u drugim on može biti raširen i vrlo čest. Dok ljudi putuju između regija, oni donose parazita naprijed-natrag sa sobom, stvarajući nove izbijanja bolesti. Dosljedne, pa čak i politike kontrole malarije također moraju prijeći granice, budući da rigorozan program u jednoj naciji čini malo dobrog ako susjedna zemlja ima neučinkovit program za kontrolu malarije.