Nuspojave varfarina uključuju krvarenje, nekrozu, smanjenje gustoće kostiju i sindrom ljubičastog nožnog prsta. Ove nuspojave često su uzrokovane interakcijom varfarina s uobičajenim lijekovima i nekom hranom. Nuspojave varfarina moraju se pažljivo pratiti kako bi se osiguralo da je njegova doza odgovarajuća i sigurna. Tijekom ranih faza liječenja varfarinom mogu biti potrebne dnevne pretrage krvi pacijenta. Primarni cilj ovog testiranja je osigurati da varfarin ne uzrokuje krvarenje kod pacijenta.
Krvarenje je jedna od najčešćih nuspojava varfarina, a javlja se u do 2.7 posto slučajeva. Prije propisivanja varfarina, liječnik uvijek mora odvagnuti koristi i rizik od krvarenja. Specifični primjeri krvarenja zbog varfarina uključuju modrice, iskašljavanje krvi, krvarenje iz nosa i krvavi urin. Rizik od krvarenja dodatno se povećava kada se varfarin kombinira s nesteroidnim protuupalnim lijekovima i lijekovima protiv trombocita. Bolesnici na hemodijalizi i starije osobe imaju povećan rizik od krvarenja kada uzimaju varfarin.
Nekroza je jedna od rijetkih nuspojava varfarina koja prvenstveno utječe na kožu i udove. Najvjerojatnije će se pojaviti kod pacijenata koji imaju manjak proteina C, drugog antikoagulansa koji zahtijeva vitamin K. Varfarin u početku brže smanjuje razinu proteina C u krvi nego što smanjuje faktore zgrušavanja. To može dovesti do masivnih krvnih ugrušaka, što može uzrokovati nekrozu i gangrenu. Bolesnici s rizikom od nekroze varfarina obično primaju heparin zajedno s varfarinom.
Smanjenje gustoće kostiju, također poznato kao osteoporoza, također može biti jedna od nuspojava varfarina. Studija iz 1999. u kojoj su sudjelovale 572 žene koje su uzimale varfarin pokazala je povećanje fraktura rebara i kralježnice. Druga studija muškaraca iz 2006. povezivala je korištenje varfarina tijekom najmanje jedne godine sa 60% povećanjem rizika od prijeloma kostiju zbog osteoporoze. Povećani rizik od osteoporoze zbog varfarina može biti posljedica potrebe za vitaminom K u stvaranju nekih koštanih proteina.
Sindrom ljubičastog nožnog prsta jedna je od rijetkih nuspojava varfarina. Primarni simptom je plava ili ljubičasta boja koja najviše zahvaća palac na nozi, ali se može pojaviti i na drugim dijelovima stopala. Sindrom ljubičastog nožnog prsta obično se javlja unutar osam tjedana nakon početka liječenja varfarinom. Vjerojatni uzrok sindroma ljubičastog nožnog prsta je taloženje kolesterola u koži stopala.