Korištenje vode za ispiranje usta za bakterije općenito je vrlo učinkovito, ali neke vrste vode za ispiranje usta imaju manji učinak od drugih. Općenito govoreći, svaka vodica za ispiranje usta označena kao “antiseptik” sposobna je ubiti bakterije, ali količina bakterija koju može ubiti ovisi o koncentraciji aktivnog sastojka. Neke vodice za ispiranje usta beskorisne su u ubijanju bakterija, a umjesto toga koriste ulje paprene metvice za suzbijanje lošeg zadaha povezanog s rastom bakterija u ustima. Učinkoviti sastojci vode za ispiranje usta za bakterije uključuju alkohol, natrijev fluorid i vodikov peroksid. Iako se alkohol obično smatra učinkovitim ubojicom bakterija, on također isušuje usta, što može pogoršati problem.
Najvažnija stvar na koju bi kupci trebali obratiti pažnju pri kupnji vodice za ispiranje usta je uključivanje riječi “antiseptik” na etiketu. Antiseptik se definira kao sposobnost da područje očisti od bakterija ili mikroorganizama. Neke vodice za ispiranje usta samo maskiraju miris neugodnog zadaha koristeći nešto poput ulja paprene metvice. Ove vodice za ispiranje usta trebale bi izbjegavati osobe koje pate od neugodnog zadaha jer se ne bore protiv bakterija, već samo protiv mirisa. Većina vodica za ispiranje usta ima antiseptički učinak, ali precizna metoda koju koriste za stvaranje tog učinka može pomoći u određivanju koja je općenito učinkovitija.
Alkohol je uobičajen u vodici za ispiranje usta zbog svojih svojstava u borbi protiv bakterija. Tehnički gledano, koncentracija alkohola od 70 posto najučinkovitija je u borbi protiv bakterija, ali tako visoke razine alkohola u vodici za ispiranje usta mogu uzrokovati probleme. Osim mogućnosti da djeca piju vodu za ispiranje usta zbog sadržaja alkohola, poznato je i da alkohol isušuje usta. Osobe sa suhim ustima također pate od neugodnog zadaha, pa dok alkoholna vodica za ispiranje usta ubija bakterije, ne utječe na krajnji rezultat tog problema. Stoga su tekućine za ispiranje usta koje ne sadrže alkohol, ali imaju drugo sredstvo za ubijanje bakterija, učinkovitije.
Ostali mogući sastojci vodice za ispiranje usta za prevenciju i smanjenje bakterija uključuju natrijev fluorid i vodikov peroksid. Vodikov peroksid još uvijek može uzrokovati isušivanje usta, ali to nije toliko izraženo kao učinak alkohola. Natrijev fluorid je još jedan mogući sastojak vodice za ispiranje usta za prevenciju bakterija. Obično se ova kemikalija koristi u pesticidima, ali istraživanja su pokazala da vode za ispiranje usta koje je sadrže učinkovite u ubijanju bakterija. Fluorid također pomaže u borbi protiv karijesa.
Općenito, većina marki vode za ispiranje usta bit će učinkovita u ubijanju bakterija. Korištenje vode za ispiranje usta za bakterije prvenstveno je za borbu protiv lošeg zadaha, tako da brendovi koji sadrže alkohol nisu tako učinkoviti kao brendovi bez alkohola. Važno je napomenuti da bi osobe koje pate od neugodnog zadaha također trebale redovito prati zube i koristiti konac kako bi riješili problem.