Progesteron i menstrualni ciklus usko su povezani jer se menstruacija ne bi mogla pojaviti bez ovog hormona. Progesteron djeluje s estrogenom na zgušnjavanje sluznice maternice, a iznenadni pad progesterona uzrokuje njegovo lučenje tijekom menstruacije ako ne dođe do trudnoće. Ovaj hormon je također važan kada dođe do trudnoće, jer visoka razina progesterona osigurava pravilan razvoj fetusa. Osim toga, neravnoteža između progesterona i estrogena može dovesti do predmenstrualnog sindroma (PMS). Neke žene koriste odnos između progesterona i menstrualnog ciklusa u svoju korist, jer ovaj hormon može spriječiti i poboljšati trudnoću kada su prisutne različite količine.
Tijekom folikularne faze menstruacije, razine i progesterona i estrogena su prilično niske, ali se nakon toga povećavaju, estrogena tijekom ovulacijske faze i progesterona tijekom lutealne faze. Kako novo jajašce sazrijeva u folikulu, progesteron i estrogen pomažu u zgušnjavanju sluznice maternice u slučaju trudnoće, kako bi se embrij mogao pravilno implantirati. Osim toga, razina progesterona ostaje visoka kako bi se omogućio pravilan razvoj fetusa i omogućio da krv cirkulira unutar maternice. Drugi zadatak ovog hormona tijekom trudnoće je stvaranje sluznog čepa koji štiti fetus od ulaska bakterija u maternicu. Nedostatak ovog hormona može dovesti do pobačaja, zbog čega su progesteron i menstrualni ciklus važni za žene koje žele roditi bebu do termina.
Razina progesterona raste nakon ovulacije, a ako ne dođe do trudnoće, razina progesterona naglo pada, uzrokujući lupanje sluznice maternice tijekom menstruacije. No, neposredno prije pada progesterona mnoge žene pate od PMS-a, koji je posljedica hormonske neravnoteže. Razina progesterona često raste u ovom trenutku, zbog čega se žene mogu osjećati gladnije nego inače. Mnoge žene se također žale na nadutost neposredno prije menstruacije kao rezultat sklonosti progesterona da bubrezi pohranjuju i vodu i sol. Osim toga, žene često primjećuju veće, čvršće grudi jer se tkivo povećava kao rezultat ovog hormona, što je samo još jedan način na koji progesteron djeluje zajedno s menstrualnim ciklusom čak i nakon što trudnoća nije nastupila.
Neke žene iskorištavaju odnos između progesterona i menstrualnog ciklusa dodajući više ovog ženskog hormona svom tijelu kako bi postigle različite rezultate. Na primjer, neke žene mogu spriječiti pobačaj kao rezultat niske razine progesterona uzimanjem tableta, injekcija ili čepića koji sadrže ovaj hormon. Druge žene koje pokušavaju spriječiti trudnoću koriste kontracepcijske pilule koje sadrže samo progesteron, koje mogu zgusnuti cervikalnu sluz pa je spermi teško doći do cerviksa. Također može istanjiti sluznicu maternice, jer povećanje ovog hormona praćeno naglim smanjenjem sprečava da sluznica postane pregusta. Kontracepcijske pilule koje sadrže samo progesteron imaju manje nuspojava od kombiniranih pilula koje također sadrže estrogen, što ih čini privlačnim nekim ženama. Žene bi trebale odrediti najbolji tretman na temelju savjeta i nadzora svojih liječnika.