Nuspojave glukozamin sulfata obično su blage, iako se svi neugodni simptomi koji se razviju nakon uzimanja ovog lijeka trebaju prijaviti liječniku radi daljnje medicinske procjene. Neke od najčešće prijavljenih nuspojava uključuju mučninu, proljev ili zatvor. Dodatne nuspojave glukozamin sulfata mogu uključivati glavobolju, vrtoglavicu ili kožne reakcije. Oni koji su alergični na školjke ili s dijabetesom smiju koristiti ovaj lijek samo pod izravnim nadzorom liječnika. O svim pitanjima ili nedoumicama o potencijalnim nuspojavama glukozamin sulfata na individualnoj osnovi treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Gastrointestinalni poremećaji su među najčešćim nuspojavama glukozamin sulfata. Ove vrste simptoma mogu uključivati mučninu, povraćanje ili proljev. Neki bolesnici mogu imati zatvor ili izmjenjivati napade zatvora i proljeva. Također se može pojaviti žgaravica, gubitak apetita ili bol u trbuhu. Neke od ovih nuspojava mogu se minimizirati uzimanjem lijeka s hranom ili mlijekom.
Prilikom uzimanja glukozamin sulfata mogu se pojaviti nesanica, glavobolja ili vrtoglavica. Ovaj lijek može povećati rizik od krvarenja, osobito kod osoba s poremećajima krvarenja. Neki lijekovi ili biljni dodaci mogu povećati ove rizike, stoga se prije uporabe treba konzultirati s liječnikom. Kod nekih ljudi koji koriste glukozamin sulfat mogu se pojaviti kožne reakcije kao što su osip, svrbež ili peckanje. Iako su ove kožne reakcije obično blage, sve značajne promjene na koži treba prijaviti liječniku kako bi se isključila moguća alergijska reakcija.
Oni koji su alergični na školjke smiju koristiti ovaj lijek samo pod izravnim nadzorom liječnika. Glukozamin sulfat se proizvodi od školjki rakova, jastoga ili škampa. Većina ljudi koji su alergični na školjke reagiraju samo na meso tih stvorenja, iako je bilo izvješća o sličnim reakcijama prilikom uzimanja ovog lijeka.
Neke nuspojave glukozamin sulfata mogu uključivati promjene šećera u krvi ili simptome astme kao što su kašalj, piskanje ili otežano disanje. Bolesnici s dijabetesom trebali bi se posavjetovati s liječnikom prije uporabe ovog lijeka, jer se može preporučiti češće testiranje krvi. Osobama s astmom ili drugim respiratornim bolestima možda se ne savjetuje uzimanje glukozamin sulfata.
U rijetkim slučajevima, tijekom uzimanja glukozamin sulfata može se pojaviti teška i potencijalno po život opasna alergijska reakcija poznata kao anafilaksija. Simptomi alergijske reakcije mogu uključivati oticanje lica, otežano disanje i bol u prsima. Ove simptome treba tretirati kao hitnu medicinsku pomoć, jer smrt može nastupiti u roku od nekoliko minuta bez hitne medicinske pomoći.