Postoji toliko mnogo različitih uzroka trovanja hranom da medicinska znanost nije sve identificirala. Međutim, većina slučajeva bolesti koje se prenose hranom uzrokovane su bakterijama ili virusima. Bakterije uspijevaju u neživim tvarima, dok virusi zahtijevaju živog domaćina da bi postojali. Virusna i bakterijska trovanja hranom uzroci imaju mnogo različitih metoda kontaminacije.
Bakterije mogu ostati na površini voća i povrća. Ako proizvodi nisu pravilno oprani ili obrađeni, bakterije se mogu progutati i uzrokovati trovanje hranom. Konzervirano voće i povrće može biti jedan od najozbiljnijih uzroka trovanja hranom ako se proizvodi nepravilno obrađuju. Clostridium botulinum je bakterija koja proizvodi toksin koji može uzrokovati teške bolesti i smrt. Izbočene limenke ili poklopci znakovi su da je proizvod bio nepropisno konzerviran; jedenje ove hrane može rezultirati smrću od trovanja botulizmom.
Većina uzroka trovanja hranom ne proizvodi tako ozbiljne posljedice. Češći su simptomi slični gripi i crijevni problemi koji nestaju za jedan ili dva dana. Simptomi trovanja hranom ponekad se mogu zamijeniti s gripom. Grčevi u želucu, mučnina i povraćanje česti su znakovi.
Virusni slučajevi trovanja hranom obično su uzrokovani kontaminacijom izmetom. Ako kuhari i oni koji pripremaju hranu ne peru pravilno ruke nakon korištenja kupaonice, može doći do kontaminacije i trovanja hranom. Ova vrsta trovanja hranom može zahvatiti čitave ustanove, kao što su vrtići i škole. Fekalne tvari u školjkama su još jedan uzrok virusnog trovanja hranom.
Hrana koja nije do kraja kuhana također može uzrokovati bolesti koje se prenose hranom. Sva hrana treba biti kuhana na odgovarajućoj temperaturi kako ne bi došlo do trovanja hranom. Ostavljanje kuhane hrane u hladnjaku dulje od dva sata još je jedan uzrok trovanja hranom koji se lako može izbjeći. Osnovno pravilo u sigurnosti hrane je da vruća hrana treba ostati topla, a hladna hrana treba ostati hladna.
Pravilna priprema sirovog mesa za kuhanje posebno je važna u izbjegavanju trovanja hranom. Sirovo meso može sadržavati bakterije koje uzrokuju trovanje hranom. Ako se nekuhano meso reže na dasci za rezanje prije nego što se tamo priprema i druga hrana poput povrća, bakterije mogu lako kontaminirati povrće. Za različite namirnice treba koristiti zasebne daske za rezanje i noževe kako bi se izbjegla bakterijska kontaminacija.
Pravilne temperature kuhanja mogu ubiti bakterije i viruse koji bi inače mogli uzrokovati trovanje hranom. Na primjer, svinjetina može sadržavati virusnog okruglog crva Trichinella spiralis, koji uzrokuje bolest trihinelozu koja se prenosi hranom. Ako je svinjetina pravilno kuhana, šanse za zarazu trihinelozom su vrlo rijetke.