Bez obzira na želju i dobronamjerne napore mnogih organskih vrtlara, dolazi vrijeme kada se insekticidi moraju koristiti za uklanjanje kukaca koji napadaju i uništavaju vrtne usjeve. Mnogi radije koriste prirodni insekticid nego sintetski proizvedeni kemijski insekticid. Rotenon i buhač su vrlo dobro poznati i široko korišteni prirodni insekticidi dobiveni iz biljaka. Ostali prirodni insekticidi uključuju nikotin, ulje neema i sapun.
Rotenon i buhač se obično koriste kao prirodni insekticidi. Rotenon se dobiva iz korijena tropskih i suptropskih biljaka iz roda Derris. Rotenon djeluje kao prirodni insekticid širokog spektra koji truje i u kontaktu i nakon gutanja. Rotenon se obično koristi kao prašina ili sprej, i iako nije toksičan za biljke, vrlo je toksičan za ribe i umjereno otrovan za toplokrvne sisavce.
Buhač potječe od dalmatinske krizanteme i koristi se u obliku praha ili tekuće suspenzije. U velikim koncentracijama djeluje kao prirodni insekticid napadajući središnji živčani sustav insekata. Buhač u malim koncentracijama možda nije otrovan za insekte, ali zadržava sposobnost odbijanja insekata. Buhač je otrovan za ribe, ali manje otrovan za sisavce od sintetskih pesticida. Biorazgradiv je i lako se razgrađuje pod utjecajem svjetla.
Neki ekološki vrtlari preporučuju korištenje sapuna, koji se kao prirodni insekticid koristi stotinama godina. Razrjeđivanje tekućeg deterdženta za pranje posuđa, kao što je Ivory, s vodom do 1-2% otopine koja se može prskati za pokrivanje biljaka pokazalo se učinkovitim u suzbijanju insekata. Međutim, budite oprezni, jer opetovano i temeljito prekrivanje visokim koncentracijama sapuna može uzrokovati štetu određenim vrstama biljaka. Sapun kao prirodni insekticid može biti daleko manje toksičan za ljude i životinje od drugih alternativa, ali također može biti daleko manje učinkovit, osobito kada se liječi zaraza.
Dok je utvrđeno da su nikotin, neem i drugi botanički insekticidi o kojima se ovdje nije raspravljalo učinkoviti s minimalnim do umjerenim uspjehom, bilo koju vrstu prirodnog insekticida treba koristiti što je moguće minimalno. Samo zato što koristite prirodni insekticid, a ne sintetički, ne znači da je manje štetan za životinje ili ljude. Primjena bilo koje vrste prirodnog insekticida treba se provoditi sigurno i samo onoliko koliko je potrebno za održavanje zdravog uroda voća ili povrća.