Iako se često tvrdi da češnjak ima zdravstvene prednosti, povremeno ljudi razviju ili alergiju ili netoleranciju na biljku. Alergije na češnjak su štetne, ponekad opasne, reakcije na gutanje, dodirivanje ili udisanje češnjaka. Iako su alergije na hranu česte, alergija na češnjak je relativno rijetka, iako je netolerancija na češnjak nešto češća. Simptomi alergije na češnjak uključuju želučane tegobe i povraćanje, koprivnjaču i osip, te otežano disanje ili piskanje.
Alergije nastaju kada imunološki sustav tijela reagira na bezopasne tvari kao da su prijetnja. Tijelo proizvodi imunoglobulin E (IgE), vrstu antitijela, za borbu protiv ovih tvari. Ova antitijela ostaju u sustavu nakon što su prvi put napravljena, vežući se na različite stanice, pa sljedeći put kada alergičar dođe u kontakt s normalno bezopasnom tvari, stanice obložene IgE su nadražene i oslobađaju se velike količine histamina i drugih kemikalija. Zbog toga su naknadne alergijske reakcije često gore od početne reakcije.
Češnjak u prahu, zgnječeni ili cijeli češnjak može izazvati reakcije kod osjetljivih ljudi. Prašina češnjaka koja se nenamjerno udahne također može izazvati reakciju. Prilikom rezanja svježeg češnjaka mogu se pojaviti lokalne reakcije od alicina, spoja koji nastaje kada se biljka reže.
Iako mnogi ljudi koriste izraz “alergija” za netoleranciju, netolerancija nije isto što i alergija. Alergija je teška reakcija koja često zahtijeva posjetu bolnici radi borbe i može biti opasna po život. Netolerancija uzrokuje neugodne, ponekad bolne reakcije, ali nije opasna po život i rijetko zahtijeva stručnu liječničku pomoć.
Osobe s intolerancijom na češnjak općenito će imati želudac, žgaravicu ili plinove kada jedu češnjak u bilo kojem obliku. Što se više češnjaka pojede, to će reakcija biti veća. Netolerancija ne sprječava osobu da jede češnjak i može se suzbiti lijekovima za umirivanje želuca. Zapravo, ljudi koji pate od blage netolerancije možda neće osjetiti nikakve štetne učinke od malih količina češnjaka u hrani.
Simptomi alergije na češnjak također uključuju one koji se javljaju kod intolerancije, ali su općenito teži, uključujući mučninu i povraćanje. Ostali simptomi uključuju oticanje grla, usana i jezika, kao i piskanje ili kašalj zbog otekline u dušnicima. Ako se ne liječe, simptomi mogu postati dovoljno jaki da uzrokuju pad krvnog tlaka i gubitak svijesti. Također se mogu pojaviti svrbež, osip, crvenilo i curenje iz nosa, osobito kada češnjak dođe u dodir s kožom.
Ne postoji lijek za alergiju na češnjak. Antihistaminici mogu smanjiti simptome, ali osoba s alergijom na češnjak treba izbjegavati hranu s češnjakom. Ako postoji sumnja, alergolog može provesti test kako bi utvrdio je li alergija prisutna prije uzimanja češnjaka. Ako se češnjak proguta, a sumnja se na alergijsku reakciju, treba odmah potražiti liječničku pomoć.