Odnos između estrogena i akni donekle je složen jer fluktuacije hormona u normalnom ženskom menstrualnom ciklusu mogu uzrokovati akne u različito vrijeme. Niske razine estrogena i proporcionalno više razine androgenih hormona općenito uzrokuju cistične akne povezane s estrogenom. Hormonska neravnoteža koja smanjuje razinu estrogena ili povećava razinu androgena povećat će vjerojatnost nastanka akni jer povećava količinu ulja koju proizvode žlijezde lojnice ispod površine kože. Kontracepcijske pilule mogu ublažiti neke teške akne, jer pažljivo održavaju razinu estrogena i androgena u krvotoku.
Androgeni su primarni uzrok akni povezanih s hormonima kod mnogih žena. Ovi hormoni potiču žlijezde lojnice da proizvode masnu tvar poznatu kao sebum. Previše ove tvari često se može zaglaviti u porama, stvarajući plodno tlo za uobičajene kožne bakterije koje se razmnožavaju ispod površine kože. Nakon što se bakterije razmnože, često mogu uzrokovati upalu, što dovodi do cističnih akni. Estrogen može poništiti ili maskirati učinke androgena na tijelo.
Visoke razine estrogena i akni javljaju se u suprotnim trenucima tipičnog menstrualnog ciklusa. Tijekom prve polovice ciklusa, prije nego što nastupi ovulacija, razina estrogena postupno raste. To ne samo da smanjuje učinke androgena u tijelu, već smanjuje i pojavu akni. Tijelo dosegne svoj vrhunac estrogena neposredno prije ovulacije, nakon čega se razina estrogena postupno smanjuje. Akne se obično povećavaju nakon ovulacije u vremenu poznatom kao lutealna faza, a najgore postaju neposredno prije menstruacije.
Tijekom lutealne faze ciklusa, progesteron, hormon koji posjeduje svojstva slična estrogenu i androgenu, postupno raste. Fluktuacije progesterona mogu povećati nadutost i razinu tekućine, što zauzvrat stišće pore na licu. Ovo smanjenje veličine pora često pogoršava simptome akni jer dodatno ograničava sposobnost tijela da ukloni višak masnoće.
Kontracepcijske pilule osiguravaju pažljivo kontrolirane razine estrogena i progesterona u krvotoku. Održavajući razinu estrogena dosljednom tijekom cijelog mjeseca, pilule su u stanju smanjiti učinke androgena tijekom lutealne faze uz smanjenje općih hormonskih fluktuacija. To u konačnici dovodi do smanjenja akni kod mnogih žena, posebno onih koje su imale ozbiljne hormonske neravnoteže prije početka liječenja.