Najčešći uzrok čira u ustima kod djece je pogrešno rukovanje. Oralne lezije uzrokovane grubom upotrebom četkice za zube, ugrizom obraza ili drugim sličnim radnjama nazivaju se traumatskim ulkusima. Ponavljajući ulkusi u ustima u djece mogu također biti posljedica virusnih ili bakterijskih infekcija. Ove čireve uzrokuju različiti organizmi, uključujući viruse Coxsackie i herpes simplex. U slučaju da su čirevi u ustima kod djece uzrokovani oralnim infekcijama, preporuča se hitno liječenje kako bi se spriječile moguće komplikacije.
Djeca često pate od traumatskih ulkusa samo zato što nisu navikla pravilno brinuti o svojim ustima. Vrlo je uobičajeno da vrlo mala djeca rane zubno meso ili obraze kao rezultat previše energičnog pranja zubi. Slično, djeca mogu slučajno ugristi vlastite jezike, obraze i usne prilikom žvakanja ili razgovora, ili čak tijekom grube igre. Oštećenje se ponekad može razviti u otvorene rane koje uzrokuju nelagodu. Srećom, traumatski ulkusi u ustima kod djece smanjuju se učestalost kako djeca stare i dobivaju bolju motoričku kontrolu oko usta.
S druge strane, ponavljajući čirevi u ustima u djece obično su posljedica oralne infekcije. Nakupljanje bakterijskog plaka, na primjer, može dovesti do gingivitisa i uzrokovati ulceracije na desni. Infekcija virusom Coxsackie može uzrokovati stvaranje malih crvenih lezija u ustima, rukama i drugim zaraženim područjima; ovo stanje je obično poznato kao bolest šaka, stopala i usta. U rijetkim slučajevima, čirevi u ustima posljedica su infekcije virusom herpes simplex. Nedostaci vitamina i stanja koja slabe imunološki sustav dovode djecu u veći rizik od infekcije.
Čirevi u ustima uzrokovani infekcijama općenito se liječe kombinacijom lijekova i preventivnih mjera. Iako su lijekovi protiv čira u ustima općenito dovoljni za uklanjanje simptoma, lezije se mogu vratiti ako se dijete ne nauči kako izbjeći infekciju. Opći savjeti o čistoći, kao što je izbjegavanje stavljanja ruke u usta nakon dodirivanja prljavih predmeta, jednako su važni kao i sam tretman. Također je ključno potražiti hitno liječenje ako je uzrok čira u ustima kod djece ozbiljnije stanje, kao što je herpes infekcija ili jako oslabljen imunološki sustav. Ako se ne kontroliraju, ove infekcije mogu se proširiti izvan usta i dovesti do medicinskih komplikacija s doživotnim posljedicama za dijete.