Transakcije e-trgovine mogu se rješavati na nekoliko različitih načina. Neke su opcije identične onima koje koriste obične maloprodajne trgovine, a neke su jedinstvene za online kupnju. Način na koji trgovac na mreži odlučuje upravljati transakcijama u potpunosti je po njezinu nahođenju, iako potrebe i preferencije kupaca obično igraju glavnu ulogu u ponuđenim opcijama transakcija. Popularne opcije transakcija e-trgovine uključuju kreditne kartice, debitne kartice, elektroničke čekove, darovne kartice, usluge online plaćanja i planove odgođenog plaćanja. Neke internetske tvrtke i dalje prihvaćaju osobne čekove i čekove na blagajni, ali tih opcija je sve manje jer trgovcu koštaju vrijeme i novac za obradu, a imaju i veće šanse za neuspjeh od drugih opcija plaćanja.
Nedostatak stvarne osobe koja je uključena u transakcije e-trgovine čini mnoge ljude zabrinutim zbog ovog oblika trgovine. U ranim danima e-trgovine obilovale su horor priče o ukradenim brojevima kreditnih kartica, krađi identiteta i izravnoj krađi od strane beskrupuloznih, a često i potpuno lažnih, online trgovaca. Budući da je online prodaja bila tako nova, sigurnosne su mogućnosti bile ograničene, a slijepo povjerenje često je bilo jedina opcija koja se nudila potrošačima voljnim kupovati s web-mjesta.
Današnja online poslovna zajednica nudi transakcije e-trgovine s bezbroj ugrađenih sigurnosnih značajki. Brojevi bankovnih kartica šifrirani su kako bi se spriječila krađa, a osobni podaci se sigurno pohranjuju sličnim tehnikama. Značajan broj tvrtki osigurava sigurnost trećih strana na maloprodajnim web stranicama i jamči povrat troškova prodavačima i potrošačima u slučaju da im sustavi pokvare.
Osim prihvaćanja velikih kreditnih i debitnih kartica, mnoge web-lokacije za internetsku trgovinu svojim klijentima pružaju i druge mogućnosti transakcije. Elektronički čekovi popularni su na nekim poslovnim web-stranicama za e-trgovinu, iako trgovca koštaju dodatnih troškova obrade pored troškova koje mora platiti za obradu prodaje kreditnom i debitnom karticom. Za plaćanje elektroničkim čekom prodavatelj generira fizički ček koristeći bankovne podatke koje je dao kupac, a ček se polaže na bankovni račun prodavatelja kao obični protuček.
Odgođena plaćanja su još jedna opcija koju preferiraju neki potrošači. Ova opcija omogućuje kupcu da primi uslugu ili proizvod prije nego što ih plati tako da prodavatelju pruži podatke o bankovnom računu ili broj računa kreditne ili debitne kartice koji će se naplatiti na kasniji datum ili datume, ako uvjeti predviđaju višestruka plaćanja. Ova metoda obično uključuje naknadu za uslugu koja se plaća prodavatelju na početku transakcije.
Neke web-lokacije za e-trgovinu prodaju darovne kartice ili poklon bonove ili potrošačima nude kodove kupona za popust. Ovi online trgovci prihvaćaju ove načine plaćanja za transakcije e-trgovine. Ovi načini plaćanja obrađuju se slično kao plaćanja kreditnim ili debitnim karticama.