Bolesti primarne imunodeficijencije su one kod kojih je neki dio imunološkog sustava nefunkcionalan ili potpuno odsutan. Da bi se imunološki poremećaj smatrao primarnim, sama imunološka disfunkcija mora biti temeljni uzrok bolesti. To znači, na primjer, da imunološka disfunkcija ne može biti uzrokovana lijekovima ili drugim poremećajima. Posljedično, većina primarnih imunoloških poremećaja su genetski poremećaji koji se dijagnosticiraju u vrlo male djece.
U većini vrsta primarnih poremećaja imunodeficijencije, glavni simptomi su posljedica same imunološke disfunkcije. Međutim, postoji nekoliko vrsta primarnog imunološkog poremećaja, a simptomi se mogu donekle razlikovati. Primarni imunološki poremećaji razlikuju se u pogledu dijela imunološkog sustava koji je nefunkcionalan, a to utječe na to koji se simptomi pojavljuju.
Otprilike polovica primarnih poremećaja imunodeficijencije uzrokovana je nedostatkom funkcionalnih antitijela. Jedan primjer je x-vezana agamaglobulinemija, također poznata kao XLA. Ovaj x-vezani recesivni poremećaj pogađa mušku djecu, dok su žene s defektnim genom nositeljice. Djeca rođena s XLA su prvih nekoliko mjeseci života zaštićena antitijelima koje im majka daje u maternici i majčinom mlijeku. Nakon što se ta zaštita rasprši, počinju patiti od ponavljajućih bakterijskih infekcija, a također su izloženi riziku od sekundarnih komplikacija kao što je meningitis.
Nasuprot tome, kronična granulomatozna bolest je vrsta primarne imunodeficijencije uzrokovane nesposobnošću fagocita da ubiju organizme nakon što se progutaju. Djeca s ovim poremećajem pate od ponavljajućih infekcija vrlo specifičnih vrsta. Osobito su osjetljivi na upalu pluća, kožne apscese i infekcije kože te infekcije koštane srži i krvi.
Druga vrsta primarne imunodeficijencije utječe na kaskadu komplementa, molekularnu lančanu reakciju koju pokreće bakterijska infekcija i rezultira stvaranjem proteina komplementa. Ove molekule, zajedno s protutijelima, pomažu u ubijanju bakterija koje napadaju. Sama kaskada komplementa je relativno manji dio imunološkog sustava, i kao posljedica toga mnogim ljudima se ne dijagnosticira nedostatak komplementa sve dok ne dostignu odraslu dob. Osobe s ovom vrstom imunodeficijencije zadržavaju potpuno funkcionalne T stanice i B stanice, te su zaštićene od većine infekcija. U nekim slučajevima mogu biti osjetljivi na određene vrste bolesti, uključujući infekcije koje se prenose krvlju.
Postoji osam različitih klasa primarnih imunoloških poremećaja i više od 120 različitih stanja koja spadaju u jednu od ovih kategorija. Svaka klasa poremećaja zahtijeva različito liječenje, zbog uključenosti različitih dijelova imunološkog sustava. XLA se, na primjer, uspješno liječi redovitim dozama zaštitnih antitijela kako bi se pojačao pasivni imunitet na infekcije. Kronična granulomatozna bolest često se liječi profilaktičkim antibioticima, dok neke vrste nedostatka komplementa ne zahtijevaju nikakvo liječenje.
Vrlo teški imunološki poremećaji mogu se liječiti transplantacijom matičnih stanica. Ovaj tretman je obično rezerviran za bolesti kao što je teška kombinirana imunodeficijencija. Osobe s ovim poremećajem nemaju funkcionalne T-stanice ili B-stanice, te su osjetljive na gotovo sve vrste infekcija. Druge vrste primarne imunodeficijencije mogu se liječiti na ovaj način, uključujući XLA, ali liječenje matičnim stanicama ne provodi se često kod osoba s XLA osim ako druge mogućnosti liječenja ne uspiju.