Iako se bipolarna i shizofrenija još uvijek, uglavnom, smatraju dvije različite psihijatrijske bolesti, one su povezane na mnogo načina. Obje se bolesti obično razvijaju u kasnoj adolescenciji ili ranoj odrasloj dobi. Utvrđeno je da su genetski uzročni čimbenici vrlo slični u dvije bolesti mozga; oba se poremećaja često pojavljuju u istim obiteljima. Nekim ljudima dijagnosticiraju se simptomi obje bolesti. Shizofrenija i bipolarni ili manično-depresivni poremećaj također imaju zajedničke simptome i tretmane.
Neki lijekovi propisani i za bipolarnu i za shizofreniju snižavaju razinu protein kinaze C (PKC) u mozgu. Smatra se da visoke razine ovog proteina u mozgu povećavaju ozbiljnost simptoma povezanih s obje bolesti, kao što su slušanje ili gledanje stvari koje ne postoje, trkaće misli i doživljavanje grandioznih ili lažnih uvjerenja, povezanih s vlastitom moći. U onome što se naziva disforično raspoloženje kod shizofrenije, shizofreničari često doživljavaju tešku razdražljivost, tjeskobu i depresiju nalik onome što bipolarni, ili manično-depresivni, obično imaju u svojim depresivnim razdobljima. Ako se ne liječe, i bipolarni i shizofreničari vrlo će vjerojatno zloupotrijebiti droge ili alkohol kao način “samoliječenja”.
Glavna razlika između simptoma shizofrenije i bipolarnog poremećaja je raspoloženje. Bipolarna bolest se smatra poremećajem raspoloženja kojeg karakteriziraju dva ekstremna raspoloženja: manični optimizam i depresivno beznađe. Izrazita raspoloženja su toliko ozbiljna da ometaju svakodnevni život bipolarnog; često se propisuje stabilizator raspoloženja kao što je litij. Shizofreničari nemaju dva odvojena razdoblja raspoloženja, već neprestano doživljavaju različite skupine simptoma poznatih kao negativni i pozitivni; oni se mogu kontrolirati antipsihotičnim lijekovima kao što je Haldol. Negativne simptome najteže je liječiti lijekovima; pokazuju se kao nedovoljno funkcioniranje, kao što je nedostatak emocija, govora ili izražavanja, dok su pozitivni shizofreni simptomi pretjerano funkcionirajući, poput slušanja glasova ili vjerovanja u posjedovanje nadljudskih moći.
Moguće je da osoba ima obje bolesti ili barem simptome koji se preklapaju. Shizoafektivna dijagnoza odnosi se na osobu sa shizofrenijom i poremećajem raspoloženja kao što je bipolarna ili velika depresija. Veliki depresivni poremećaj razlikuje se od bipolarnog po tome što mu nedostaje manična faza. Smatra se da su bipolarna i shizofrenija posebno povezane. Studije su pokazale da shizofrenija čini osobu osjetljivijom na razvoj bipolarnog poremećaja.
Imati članove obitelji sa shizofrenijom ili bipolarnim poremećajem povećava rizik od razvoja jedne ili obje bolesti. Obitelj s poviješću jedne bolesti vjerojatno će imati i drugi poremećaj. Bipolarna i shizofrenija imaju genetske komponente koje su povezane s oba poremećaja mozga.