Početak epidemije AIDS-a bio je suptilan pomak u genetskom materijalu virusa koji je omogućio da virus postane zoonoza, što znači da se mogao prenijeti sa životinja na ljude. Tijekom vremenskog razdoblja koje je vjerojatno trajalo desetljećima, virus se više puta prenosio s primata u Africi na ljude, a na kraju je uspostavio uporište u ljudskoj populaciji i počeo se širiti izvan granica afričkog kontinenta. Do trenutka kada su znanstvenici i medicinski stručnjaci uspjeli povezati sve točke, epidemija AIDS-a proširila se većim dijelom svijeta; od 2007. godine, preko 33 milijuna ljudi diljem svijeta bilo je zaraženo HIV-om, virusom koji se razvija u AIDS.
Postoji određeni spor oko početka epidemije AIDS-a, a čak i sada, istraživači još uvijek sastavljaju dijelove slagalice. Jasno je da virus HIV potječe od primata koji žive u zapadnoj i središnjoj Africi, te da se vjerojatno prenosio na ljude u zajednicama gdje ljudi jedu meso primata. Neki istraživači sugeriraju da je uspon gradova u Africi također mogao pridonijeti širenju AIDS-a, koncentriranjem ljudske populacije.
Iz Afrike je virus AIDS-a skočio na Haiti, a zatim se počeo brzo širiti u raznim smjerovima. Homoseksualna stjuardesa koja se ponekad naziva “Nulti pacijent” često se okrivljuje da je prouzročila epidemiju AIDS-a, ali svi dokazi sugeriraju da se virus istovremeno širio u nekoliko zajednica; virus HIV-a zapravo ima nekoliko različitih skupina ili “klasa”, što ilustrira činjenicu da ga nije prouzročila jedna osoba.
Klade također sugeriraju nešto zanimljivije, a to je da su HIV i AIDS vjerojatno puno stariji nego što ljudi misle. Opće spoznaje o epidemiji AIDS-a sugerira da je virus nastao 1980-ih, ali je zapravo vjerojatnije počeo se širiti 1930-ih, rastući eksponencijalno sve dok u 1980-ima nije bilo dovoljno slučajeva da medicinski stručnjaci shvate da imaju epidemiju. Najmanje jedna dokumentirana smrt od AIDS-a datira iz 1950-ih, što podupire ovo gledište.
Saznajući više o širenju epidemije AIDS-a, istraživači se nadaju da će otkriti nove tehnike za liječenje, a možda i liječenje ili cijepljenje protiv te bolesti. Na primjer, različite klade reagiraju na jedinstvene načine na liječenje, što ilustrira raznolikost virusa HIV-a i AIDS-a, a neke klade su smrtonosnije od drugih; manje smrtonosne klade su vjerojatno starije, jer bi njihove žrtve živjele dovoljno dugo da se bolest dalje širi.