Postoji mnogo različitih vrsta imunoloških poremećaja, a oni su obično kategorizirani u dvije podvrste. Sistemski imunološki poremećaji opisuju stanje u kojem imunološki poremećaj zahvaća više od jednog organa u tijelu, dok lokalizirani imunološki poremećaji obično utječu samo na jedan organ. Neki od češćih tipova sistemskih imunoloških poremećaja uključuju reumatoidni artritis i lupus. Uobičajeni tipovi lokaliziranih imunoloških poremećaja uključuju dijabetes melitus, multiplu sklerozu i Addisonovu bolest. Imunološki poremećaji obično opisuju bolesti u kojima imunološki sustav pogrešno cilja i uništava zdravo tkivo unutar tijela, iako neki imunološki poremećaji uključuju oslabljen imunološki sustav.
Reumatoidni artritis je stanje koje obično uzrokuje upalu i propadanje zglobova. Može se razviti u bilo kojem zglobu u tijelu, ali najčešće zahvaća ruke i zapešća. Točan uzrok reumatoidnog artritisa nije poznat, ali se vjeruje da ga uzrokuju bakterijske infekcije unutar zglobova ili tkiva koje okružuje zglobove. Može zahvatiti ljude bilo koje dobne skupine, iako je češći kod osoba starijih od 30 godina i čini se da je češći kod žena nego muškaraca. Reumatoidni artritis je nezarazni sistemski imunološki poremećaj, a nakon što imunološki sustav počne napadati zglobno tkivo, obično se širi, a može napadati i zdravo tkivo u plućima i drugim organima.
Lupus je još jedna vrsta sistemskog imunološkog poremećaja, a kao i reumatoidni artritis, i on je češći kod žena nego kod muškaraca. Vjeruje se da nije zarazna, a točan uzrok bolesti nije utvrđen. Čini se da neka istraživanja pokazuju da je lupus barem djelomično posljedica genetike, jer ljudi koji imaju rođake koji pate od ove bolesti imaju veći rizik od oboljevanja od lupusa. Neki istraživači vjeruju da može postojati okolišni okidač koji dovodi do pojave lupusa. Pušenje i izlaganje ultranasilnom svjetlu vjerojatno su povezani s bolešću.
Multipla skleroza (MS) je imunološki poremećaj koji prvenstveno utječe na živčani sustav. Smatra se lokaliziranim poremećajem, ali budući da napada živčani sustav, simptomi se mogu pojaviti u mnogim dijelovima tijela. MS je bolest koja uzrokuje da imunološki sustav napada zaštitni omotač živaca. Ozbiljnost bolesti uvelike varira od pojedinca do pojedinca, ali u vrlo ekstremnim slučajevima oboljeli možda neće moći hodati ili govoriti. Trenutačno ne postoji lijek za MS.
Poremećaj stečene imunodeficijencije (AIDS) je potpuno drugačija vrsta imunološkog poremećaja. AIDS nije karakteriziran time da imunološki sustav napada zdravo tkivo, već je to stanje u kojem je imunološki sustav toliko oslabljen da ne funkcionira dovoljno dobro za borbu protiv bolesti. Za razliku od većine drugih imunoloških poremećaja, AIDS se smatra zaraznim, kroz izmjenu tjelesnih tekućina poput sluzi ili krvi.