Videokonferencije postaju sve popularnija opcija u poslovnom i obrazovnom svijetu, zbog svoje pogodnosti i eliminacije putnih troškova. Međutim, postoje i neki nedostaci videokonferencija koje treba imati na umu. Prvo, kad god se koristi tehnologija, treba očekivati tehničke poteškoće; to može varirati od problema sa softverom, problema sa samim računalnim hardverom ili čak okolnim smetnjama zbog kojih je teško čuti ili vidjeti, poput ambijentalne buke u uredu. Nekim ljudima također nedostaju osobne veze koje se javljaju u tradicionalnijem okruženju, poput rukovanja i kontakta očima, a koje nedostaju na videokonferenciji.
Cijena postavljanja ove tehnologije još je jedan od najčešćih nedostataka videokonferencija. Tvrtke koje imaju velike putne troškove za zaposlenike često će smatrati da se ovaj proces isplati, ali neke manje tvrtke mogu smatrati da su troškovi video konferencija previsoki. Poduzeća će također morati planirati gdje će instalirati video konferenciju; na primjer, konferencijska soba je dobar izbor, ali se ta ista prostorija ne može koristiti za sastanke ako se održavaju video konferencije. Iako možda nisu nedostaci videokonferencija, logistički problemi poput ovih su nešto o čemu treba razmišljati.
Tehnički problemi su neki od najčešćih nedostataka videokonferencija. Softverski problemi su prilično česti, što može zahtijevati poziv tehničkoj podršci, prekidajući cijeli raspored konferencije. Kamera ili mikrofon u računalu također bi mogli pokvariti. Osim toga, u nekim uredima mogu se pojaviti neočekivani problemi, kao što je buka koja dolazi izvana. Postoje brojni načini na koje se videokonferencija može poremetiti, što općenito ne bi bio problem tijekom lične konferencije.
Još jedan od glavnih nedostataka videokonferencija je nedostatak osobnog kontakta. Kada pokušavate razviti poslovni odnos, pa čak i kada nekoga intervjuirate za posao, može biti važno vidjeti kako se ta osoba ponaša u profesionalnim situacijama. Čvrst stisak ruke i prijateljski kontakt očima neki su od najboljih načina da se to utvrdi, ali videokonferencije to sprječavaju. Kako se tehnologija nastavlja poboljšavati, to će vjerojatno biti manji problem, ali i dalje neće postojati zamjena za osobno upoznavanje. Naravno, prednosti videokonferencija obično nadmašuju nekoliko nedostataka, ali u nekim prilikama jednostavno ne postoji zamjena za staromodni sastanak od osobe do osobe.