Bakterije su domena prokariota, najranije vrste života na Zemlji. Ti se mikroorganizmi mogu pratiti milijardama godina unatrag, a danas ih na planetu postoji nepoznata, ali ogromna količina. Ujedinjujuća kvaliteta svih bakterija je to što su jednostanične, a velika većina je toliko mala da se mogu promatrati samo pod mikroskopom, iako je rijetka rijetka koja se jedva može vidjeti golim okom. Većina bakterija je bezopasna, ali štetne bakterije, također poznate kao patogene bakterije, mogu uzrokovati nevjerojatnu štetu ljudskom tijelu, uključujući smrt.
Većina bakterija poznata je kao nepatogene bakterije, i one čine više od dvije trećine svih pronađenih na Zemlji. Nepatogene bakterije nalaze se na iu svemu, od kože, preko vode, do ljudskog želuca. Oni su zapravo neophodni za zdravo funkcioniranje bilo kojeg oblika života, pomažući u vitalnim funkcijama poput probave. Te se bakterije neprestano kreću kroz sustave ljudskog tijela i ne uzrokuju nikakvu štetu, osim u vrlo rijetkim okolnostima.
Pojam patogena znači nositelj bolesti, a patogene ili štetne bakterije često se nazivaju jednostavno klicama. Općenito se klasificiraju na temelju svog oblika, s tri glavne skupine: kok, bacil i spirilij. Koke se dalje mogu podijeliti u tri skupine: streptokoke, diplokoke i stafilokoke.
Svaka od ove tri glavne skupine bakterija povezana je s vlastitim skupom simptoma i bolesti. Koke, na primjer, proizvode gnoj i rastu u većim skupinama. Oni uzrokuju razne vrste pustula i čireva u tijelu, pa su vrlo prepoznatljivi kada inficiraju ranu ili područje mesa. Bacili su odgovorni za niz mnogo ozbiljnijih bolesti, a ponajviše tuberkulozu. Spirilla uzrokuje druge ozbiljne bolesti, uključujući sifilis.
Kao jednostanični organizmi, štetne bakterije mogu se vrlo brzo razmnožavati. Kroz proces koji se zove mitoza, podijelili su se u dvije identične kopije sebe. Te se kopije zatim mogu dalje podijeliti u još dvije kopije, i tako dalje, brzo povećavajući populaciju do zapanjujućih brojeva. Prosječna bakterija može u roku od 24 sata stvoriti mnogo milijuna kopija sebe, preplavljujući organizam. Sposobnost bakterija da se samostalno razmnožavaju jedna je od ključnih razlika između njih i štetnih virusa. Virusi su također patogeni, ali kako su mnogo, puno manji od bakterija, za reprodukciju im je potreban neka vrsta domaćina, što ih čini sporijim i neugodnijim u razmnožavanju.
Postoji mnogo vrsta štetnih bakterija, od kojih su neke apsolutno smrtonosne, dok druge uzrokuju samo manje bolesti. Jedan od najopasnijih je Clostridium botulinum, koji uzrokuje botulizam; može se naći u hrani i može uzrokovati smrt čak i u nevjerojatno malim količinama. Druga je Yersinia pestis, koja je uzrokovala bubonsku kugu, i koja još uvijek pogađa male dijelove svjetske populacije. Manje opasan, ali još uvijek nezgodan oblik je Campylobacter, koji je odgovoran za većinu slučajeva trovanja hranom, uzrokujući tešku crijevnu nelagodu i često povraćanje. Druge bakterije mogu predstavljati neugodnost ako se liječe, ali smrtonosne ako se ostave same, kao što su različite vrste streptokoka koji su odgovorni za strep grlo i upalu pluća.