Latentna infekcija je situacija u kojoj je virus prisutan u tijelu, ali ostaje u stanju mirovanja, ne izazivajući nikakve očite simptome. Pacijent je još uvijek zaražen virusom i može prenijeti virus na druge kada su izloženi uspavanom virusu. Latentne infekcije također se mogu aktivirati, uzrokujući ponovno pojavljivanje simptoma i bolesti. Klasičan primjer latentne infekcije je herpes simplex, koji povremeno bukne i uzrokuje herpes prije nego što ponovno uspava.
Ljudi ponekad brkaju latentne infekcije s latencijom. Latencija ili klinička latencija je jedna od stvari koje se javljaju tijekom inkubacije infekcije, u kojoj je uzročnik prisutan u tijelu i razmnožava se, ali ne uzrokuje simptome. Virus uključen u kliničku latenciju nije u stanju mirovanja, kao što je slučaj s ovim infekcijama, već je potpuno aktivan i uzrokuje probleme organizmu domaćina. Konačno, virus će izaći iz latencije i početi izazivati simptome koji se mogu otkriti, upozoravajući domaćina na činjenicu da se infekcija događa.
Neke infekcije nikada se ne mogu potpuno izbaciti iz tijela, postajući latentne upotrebom lijekova i drugih mjera za kontrolu virusa i inhibiranje replikacije. U tim slučajevima infekcija može povremeno buknuti kao odgovor na znakove iz okoliša. Latentne infekcije također mogu biti uzrokovane kada virus mutira, postaje nemoguće iskorijeniti, ili kada tijek liječenja nije dovršen, dopuštajući virusu da miruje u tijelu.
Određeni broj virusa karakterizira izazivanje latentne infekcije, dopuštajući virusu da plijeni i teče u tijelu u ciklusima kako se okoliš mijenja. Sa stajališta virusa, sposobnost mirovanja je kritična, jer omogućuje virusu da zadrži domaćina dok postaje neaktivan kada su uvjeti neprijateljski ili neugodni za virus. Ove infekcije također može biti vrlo teško otkriti ili kontrolirati.
Osim što uzrokuju probleme domaćinu povremenim razbuktavanjem i izazivanjem niza simptoma, ove infekcije mogu postati još zlokobnije. Nekoliko virusa je povezano s nekontroliranom diobom stanica, što je vjerojatno uzrokovano poremećenjem virusne i stanične DNK što dovodi do ukrštenih žica i neobuzdane diobe stanice. Latentne infekcije također mogu postati ozbiljan problem kada pacijent postane imunokompromitiran, jer se infekcija može manifestirati kada imunološki sustav pacijenta prijeđe kritičnu točku.