Patogen je bilo koji organizam – kao što je virus, gljiva ili bakterija – koji uzrokuje bolest u drugom organizmu. Bolesti uzrokovane organizmima mogu varirati od obične prehlade do trovanja hranom do meningitisa. Mogu se širiti na mnogo načina, kao što su dolaskom u kontakt s tjelesnim tekućinama, unosom nedovoljno kuhane hrane ili plivanjem u kontaminiranoj vodi. U nekim zemljama poduzete su mjere kako bi se smanjila količina bolesti uzrokovanih patogenima koji se prenose vodom. Postoje i drugi koraci koje ljudi mogu poduzeti kako bi se zaštitili od ovih uzročnika bolesti.
Jedan od najčešćih načina širenja patogena je osobni kontakt. Neki, poput virusa koji uzrokuje prehladu, šire se pljuvačkom. Drugi, kao što je virus ljudske imunodeficijencije (HIV), mogu se prenijeti spolnim odnosom ili korištenjem dijeljenja igala. Organizmi koji uzrokuju bolesti također se mogu širiti kontaktom s izmetom ili nehigijenskim postupcima. Održavanje sanitarnih pravila može uvelike spriječiti da se razbolite i ne širite bolest.
Voda također može biti domaćin. Različite vrste organizama koji uzrokuju bolesti mogu se nastaniti u slatkoj vodi i uzrokovati probleme kod ljudi koji je piju. U nekim zemljama, vodoopskrba se tretira kako bi se učinkovito eliminirali mnogi od različitih organizama koji mogu biti prisutni. Čak iu tim zemljama, ako oluja ili druga katastrofa prekine procese pročišćavanja vode, kontaminirana voda može biti problem. Kipuća voda često ubija većinu patogena, zbog čega se to obično savjetuje ako je došlo do prekida u procesu obrade vode.
Virusi i bakterije mogu uzrokovati širok raspon bolesti. Vodene kozice, na primjer, uzrokuje virus, a neke vrste bakterija E. coli uzrokuju trovanje hranom. Mnogo puta gljive koje uzrokuju bolest utječu na biljke, ali postoje neke koje mogu utjecati na ljude, kao što su lišajevi, atletsko stopalo i oralni drozd.
Još jedan zanimljiv organizam koji djeluje kao patogen je ameba pod nazivom Naegleria fowleri, koja se može naći u mnogim područjima, uključujući zalihe slatke vode. Može doći do nosa osobe koja pliva u kontaminiranoj vodi i na kraju doći do mozga. Tamo počinje uništavati moždane stanice i uzrokuje primarni amebni meningoencefalitis (PAM). Za većinu žrtava je smrtonosna, ali infekcije su vrlo rijetke.