Molekularna težina peptida je broj bez jedinica koji se izvodi iz omjera prosječne mase molekule peptida podijeljene s jednom dvanaestinom mase atoma ugljika 12. Molekularna težina peptida također se može opisati kao jedan mol peptida u gramima, kao mol je količina peptida koja je jednaka njegovoj molekularnoj težini. Stoga, budući da je težina aminokiseline prolina, na primjer, 97.12, jedan mol prolina jednak je 97.12 grama tvari.
Važno je znati brojeve molekularne mase peptida u procesima kao što je sinteza peptida, jer se težina može koristiti za određivanje koncentracije molekularnih komponenti. Na primjer, ako je jedna komponenta imala molekulsku masu 50, a druga 100, tada bi molekule u drugom spoju bile dvostruko više od onih u prvom spoju. Kad bi se obje spojile u jednakim gramima, spoj manje težine imao bi dvostruko više molekula prisutnih u smjesi, budući da su težili samo upola manje, a umjesto koncentracije 50/50, postojala bi koncentracija od približno 66 /33.
Softver za analizator molekulske težine često se koristi za izračunavanje brojeva molekularne težine peptida, budući da se izračuni inače mogu zakomplicirati. Ne samo da postoje različite molekularne težine kemijskih elemenata koje treba uzeti u obzir u sekvencama aminokiselina koje čine peptide, već postoje i drugi čimbenici koje treba uzeti u obzir. U obzir dolaze i hidrofobne i hidrofilne kvalitete u odnosu na vodu, kao i molarni koeficijenti apsorpcije za same proteine. Avogadrov broj, koji predstavlja koliko molekula postoji u molu, također se mora koristiti pri određivanju volumena peptida na temelju molekularne težine peptida.
Aminokiseline su građevni blokovi za peptide. Oni se kreću od molekularne težine ostatka, koja je stvarna težina minus voda, od 57.05 za najmanju molekulu, glicin, do 156.19 za najveću molekulu, arginin. Kada se kombiniraju dvije ili više aminokiselina, za određivanje nove molekularne težine često se koristi kalkulator molekularne težine peptida.
Određivanje točne molekularne težine peptida ima važnu primjenu u raznim istraživanjima. Dokazi pokazuju, na primjer, da su peptidi male molekularne težine važni regulatori u biologiji. Hormoni koji sadrže ove peptide aktivni su u dijelovima tijela, kao što su mozak, živčani sustav i gastrointestinalni trakt.