Postoji oko 75,000 znanstveno identificiranih vrsta gljiva, a znanstvenici vjeruju da može postojati i do milijun vrsta gljiva koje još nisu identificirane. Kako različite vrste površno mogu izgledati isto, njihovo precizno razvrstavanje je teško i obično zahtijeva primjenu molekularnih alata kao što je sekvenciranje DNK. Kako je sekvencioniranje DNK još uvijek relativno skupo, čak i za gljive s genomom daleko kraćim od sisavaca, vjerojatno će proći mnogo desetljeća prije nego što se većina sa sigurnošću klasificira.
Uobičajene vrste uključuju plijesni – koje rastu u nitima koje se nazivaju hife, gljive – plodna tijela kolonija gljivica i kvasce – naziv za sve jednostanične gljive. Međutim, ovo su široki pojmovi, a plijesni, kvasci i gljive mogu se naći u nekoliko taksonomskih kategorija. Klasifikacija gljiva na razini phyla je komplicirana i stalno se mijenja. Gljive su prvo pogrešno klasificirane kao biljke, ali su naknadna istraživanja pokazala da zapravo imaju više zajedničkog sa životinjama. Poput biljaka i životinja, oni su eukarioti.
Filogenetski, postoji sedam tipova gljiva. Prvi je Chytridiomycota, ili chytrids, najprimitivniji oblik, s oko 1,000 identificiranih vrsta. One proizvode spore s flagelama (zoospore) i idu za vodozemcima, kukuruzom, lucernom, krumpirom i drugim ranjivim organizmima. To su najreprezentativniji tipovi koji su živjeli tijekom paleozojske ere, prvenstveno vodeni.
Blastocladiomycota je druga phlya, stvorena kao posebna kategorija 2007. Poput chitrida, koriste zoospore za reprodukciju i parazitiraju u svim glavnim eukariotskim skupinama. Treća vrsta, Neocallimastigomycota, su anaerobne gljive koje prvenstveno zauzimaju želudac preživača. Njihovo ime sadrži grčki sufiks koji se odnosi na bičeve, -mastix, zbog brojnih flagella. Druga i treća fila u početku su pogrešno klasificirane kao kitride.
Četvrti tip su poznatiji Zygomycota, nazvan po izdržljivim sfernim sporama koje proizvode. Ako vidite gljivicu sa sitnim točkicama na vrhovima hifa (filamenata), to je Zygomycota. Postoji preko 600 vrsta ovog roda, a uključuje i crnu plijesan kruha, jednu od najčešće viđanih kod ljudi. Drugi je Pilobolus, koji je sposoban izbaciti spore nekoliko metara kroz zrak.
Peti tip su Glomeromycota, poznate kao Arbuscular mycorrhizae (AM) gljive. U osnovi, taj izraz znači “gljive drveća”. Mogu se naći u velikom broju u korijenu više od 80% obitelji vaskularnih biljaka. Taj je odnos simbiotski i drevni, proteže se unatrag najmanje 460 milijuna godina, do početka biljnog života na kopnu.
Šesta vrsta su Ascomycota, poznate kao sac gljive. One čine različite sferične vrećice koje drže svoje spore i sadrže najviše vrsta od svih vrsta. Primjeri uključuju Penicillium, smrčke, tartufe, pekarski kvasac, lišajeve, pepelnicu i mnoge druge. Mnogi od ovih tipova su biljno-patogeni.
Sedmi tip su Basidiomycota, ili klub gljive. Ova skupina sadrži najčešće gljive. Razlikuje se po prisutnosti strukture koja proizvodi spore zvane bazidij, poznatije kao kapa. Uz Ascomycota, poznate su kao Više gljive.