Što je LOD rezultat?

LOD rezultat je prikaz vjerojatnosti povezanosti između dvije genetske osobine. Ako je rezultat visok, to znači da su osobine usko povezane, pa se stoga obično nasljeđuju zajedno. Niski rezultati, s druge strane, ukazuju na nisku povezanost. Razumijevanje ovih brojeva važno je genetičarima iz više razloga, od želje da se razumiju određena genetska stanja do želje da se otkrije gdje se gen nalazi, koristeći informacije o poznatim genima.

Za razumijevanje važnosti LOD rezultata, pomaže znati da što su dva genska lokusa bliža jedan drugom, to je vjerojatnije da će se naslijediti zajedno. Ako su geni na različitim kromosomima, na primjer, obično se nasljeđuju odvojeno, jer tijekom mejoze može doći do velikog krosovera. Geni koji se nalaze na istom kromosomu, ali su udaljeni, također se obično nasljeđuju neovisno. Međutim, kada su lokusi u neposrednoj blizini na istom kromosomu, oni se obično nasljeđuju zajedno. Ova informacija je u osnovi sustava bodovanja.

LOD je skraćenica za “logaritam kvota”, što odražava činjenicu da je broj izražen logaritmički. U pravilu, ako je rezultat 3 ili veći, to znači da postoji velika vjerojatnost genetske povezanosti. Niži brojevi ukazuju na manju vjerojatnost genetskog povezivanja, iako još uvijek mogu biti korisni u procesu eliminacije.

Za određivanje LOD rezultata potreban je uzorak podataka, a u ovoj vrsti statističke analize, što je uzorak veći, to bolje. Istraživači koji rade s organizmima poput voćnih mušica mogu aktivno uzgajati populaciju kako bi otkrili ili potisnuli željene osobine u svrhu proučavanja veze između specifičnih svojstava, dok se kod populacija kao što su ljudi, istraživači moraju ograničiti na podatke prikupljene promatranjem. Veliki uzorci imaju tendenciju da daju statistički značajnije informacije jer smanjuju rizik od metilja i klastera koji iskrivljuju podatke.

Koristeći podatke iz populacije od interesa, istraživači promatraju koliko se često određene osobine pojavljuju zajedno, a koliko često se pojavljuju odvojeno. Ove informacije se koriste za dobivanje frekvencije rekombinacije, gledajući koliko se često genetske osobine rekombiniraju. Da bi bili na istom kromosomu, frekvencija rekombinacije mora biti manja od 50%, a mora se još više smanjiti kako bi ukazivala da su lokusi blizu jedan drugom. Istraživači analiziraju ove informacije kako bi utvrdili koliko je vjerojatno da postoji genetska povezanost ili ne. LOD rezultat određuje se dijeljenjem vjerojatnosti povezanosti s vjerojatnošću nepovezanosti. Obično se rezultati izračunavaju za više lokusa.