Gotovo sva znanstvena istraživanja nose rizike, a nanoznanost se u tom pogledu zasigurno ne razlikuje. No, rizici ovog područja mogu zvučati zastrašujuće od ostalih znanstvenih istraživanja jer često više zvuče više kao znanstvena fantastika nego činjenica. Rizici koji se najčešće povezuju s ovim područjem uključuju nekontrolirane nanomstrojeve, nanooružje i najgore, nepredviđene rizike. Ostaje za vidjeti je li neki od ovih rizika vrlo ozbiljan.
Nanoznanost je proučavanje mikroskopskih strojeva, od kojih svaki ima sposobnost obavljanja funkcija na staničnoj, molekularnoj ili čak atomskoj razini. Nanoznanost stvara ove malene strojeve s ciljem obavljanja funkcija koje bi se činile gotovo čudesnim sa standardnim postupcima. Nanomstrojevi imaju potencijal za izvođenje osjetljivih operacija, izliječenje prethodno nezaustavljivih bolesti, pretvaranje toksičnog otpada u bezopasne i korisne materijale i izgradnju gotovo svega što se može zamisliti od osnovnih materijala. Ako dostigne svoj puni potencijal, nanoznanost bi mogla promijeniti svijet na fantastične i prekrasne načine.
Naravno, s toliko potencijala da učini veliko dobro, nanoznanost ima jednak potencijal da učini veliku štetu. Potencijalni rizik o kojem se najviše raspravlja često se naziva jednostavno sivi goo. Primarni cilj ovog područja je stvaranje mikroskopskih nanomašina, koji mogu promijeniti stvari na molekularnoj ili atomskoj razini. Kancerozno tkivo u ljudskom tijelu moglo bi se promijeniti u zdravo tkivo, ili bi se od zahrđalog alata mogao ponovno napraviti čvrst čelik.
Strah je da bi nekontrolirani nanomstrojevi mogli harati, stvarajući neželjene promjene. Umjesto da liječe rak, mogli bi pretvoriti zdrave stanice u rak. Umjesto da popravljaju pokvarene strojeve, mogli bi sve promijeniti u bezličnu, sivu smjesu.
Drugi rizik nanoznanosti je da ljudi mogu pokušati pretvoriti nanomstrojeve u oružje. Ovi mali strojevi mogli bi se napraviti za uništavanje zgrada i strojeva, pretvaranje hrane u otrov, zračenje zaliha vode, prekidanje dalekovoda ili jednostavno ubijanje ljudi. Nijedna standardna obrana od ovog nanooružja ne bi bila učinkovita, pa bi se morale razviti nano protumjere. Nanoznanost je preopasna da bi se okrenula u destruktivne svrhe.
Možda je najopasniji rizik nanoznanosti onaj koji još nije u potpunosti shvaćen. Budući da je to tako novo polje, mogu postojati nepredviđeni rizici koji još nisu u potpunosti istraženi. Bitno je da se svijet prema ovom polju odnosi s najvećim poštovanjem i pažnjom.