Stop kodon je triplet nukleinske kiseline u glasničkoj RNA (mRNA) koji ne kodira aminokiselinu, čime se zaustavlja proizvodnja proteina. U suštini, stop kodon govori ribosomima koji izvršavaju mRNA kod da je vrijeme za zaustavljanje; moglo bi se zamisliti gotovo kao perforirana linija na listu papira koja ukazuje na “suzu ovdje”. Bez postavljenog stop kodona, proteini napravljeni od RNA sastojali bi se od beskrajnih lanaca aminokiselina, jer ribosomi ne bi znali kada se zaustaviti.
Stop kodoni su također prisutni u DNK, tako da se prenose kada se DNK transkribira u RNA. U DNK, tri stop kodona su TAA, TAG i TGA. Ovi trojci su “besmislica” kodoni koji ne kodiraju ništa, smanjujući rizik da će se napraviti pogreška. Kada se transkribiraju u RNA, stop kodoni su UAA, UAG i UGA.
Duljina lanca aminokiselina u proteinu može varirati, što znači da se zaustavni kodoni nalaze u različitim intervalima u kodiranju DNK i RNA, područjima genetskog koda koja sadrže informacije koje je potrebno izvršiti za stvaranje proteina. Zaustavni kodoni se mogu identificirati kada se DNA sekvencira i mogu se koristiti za identifikaciju specifičnih mjesta u genetskom kodu koji odgovaraju određenim proteinima, a time i određenim genetskim informacijama.
Kao i kod drugih područja DNK, moguće je da se mutacija pojavi u stop kodonu. Kodon se može pogrešno transkribirati, ili se nukleinske kiseline u kodonu mogu zamijeniti, što uzrokuje probleme kada ribosomi prevedu mRNA za izgradnju lanaca aminokiselina. U jednoj stanici to može rezultirati nasumičnom mutacijom koja uzrokuje smrt ili kvar stanice. Međutim, ako se pojave pogreške u stop kodonima u zametnoj stanici i ta se zametna stanica spoji s jednom iz drugog organizma, rezultirajući organizam će imati kongenitalnu mutaciju, au nekim slučajevima mutacija može biti toliko ozbiljna da organizam ne može živjeti .
Genetičari mogu koristiti svoje znanje o stop kodonima kako bi razvrstali informacije u komadu DNK ili RNA. Tražeći stop kodone, mogu identificirati specifične lance aminokiselina i odrediti za koje proteine genetski materijal kodira. Ove se informacije mogu koristiti da saznate više o tome što radi i što se događa kada pođe po zlu. Pronalaženje stop kodona može biti korisno kada proučavate DNK i RNA kako biste saznali više o mutaciji ili varijaciji koja je identificirana.