Slatkovodna ekologija je specijalizirana potkategorija cjelokupnog proučavanja organizama i okoliša. Za razliku od biologije, ekologija se odnosi na proučavanje ne samo organizama, već i načina na koji reagiraju, a na njih utječe prirodni okoliš ili ekosustav. Proučavajući biljke i životinje u vodnom tijelu, kao i komponente same vode, znanstvenik specijaliziran za slatkovodnu ekologiju može otkriti vitalne informacije o zdravlju i potrebama slatkovodnog sustava.
Umjesto da proučavaju golem svijet slane vode poput morskih ekologa, znanstvenici koji rade u slatkovodnoj ekologiji koncentriraju se na ekosustave tijela ne-bočate vode, kao što su jezera, ribnjaci i potoci. Neki također mogu raditi u močvarnim okruženjima gdje je voda prvenstveno svježa. Informacije koje prikupljaju slatkovodni ekolozi mogu biti od pomoći naporima za očuvanje biljaka i životinja, ali također pružaju podatke koji mogu utjecati i na ljude.
U proučavanju slatkovodne ekologije, znanstvenici pokušavaju dobiti točne ideje o tome kako tijelo slatke vode svakodnevno postoji. Svaki detalj, od mikrobnih stvorenja koja užurbano stvaraju alge, do prisutnih velikih gmazovskih ili ptičjih predatora, utječe na život ekosustava. Novi čimbenici mogu dramatično poremetiti i reorganizirati ekosustav, a mogu se kretati od uvedene egzotične vrste, kemijskog otjecanja iz novog industrijskog postrojenja ili čak povećane upotrebe ako jezero postane turističko mjesto. Shvaćajući kako se ovo vodeno tijelo ponaša u normalnim okolnostima, slatkovodni ekolozi mogu napraviti obrazovanu pretpostavku o tome kako će novi čimbenici utjecati na lokalni okoliš.
Za napore očuvanja, slatkovodna ekologija može dati otprilike točne ideje o tome kako populacije biljaka ili životinja preživljavaju u svom okolišu. To može pomoći u određivanju je li blijedim vrstama dao zaštitni status od strane upravljačkih tijela ili se već ugrožena vrsta oporavlja zbog napora za očuvanje. Iako se većina rada temelji na vjerojatnostima i grafikonima populacije, a ne na doslovnom popisu stanovništva, slatkovodni ekolozi mogu dati prilično jasnu sliku o tome kojim putem neka vrsta ide i identificirati ključne čimbenike koji određuju njezinu situaciju.
Ljudi također imaju koristi od studija slatkovodne ekologije. Kao najveća komponenta ekosustava, voda se stalno testira i analizira na važne podatke kao što su kemijski sastav i moguće opasnosti. Rad slatkovodnih ekologa može se koristiti za određivanje održivosti novog izvora pitke vode ili testiranje postojećeg izvora vode na moguću kontaminaciju. Zaštitom izvora pitke vode, slatkovodni ekolozi pridonose ne samo dobrobiti okoliša, već i dobrobiti svoje vrste.