Državnu zastavu Missourija dizajnirala je Marie Elizabeth Oliver, supruga senatora Roberta Buretta Olivera. U većini slučajeva, ideja za dizajnom državne zastave Missourija pripisuje se odboru koji su osnovale Kćeri američke revolucije 1908. Gotovo 92 godine Missouri je postojao kao inkorporirana država bez državne zastave. Dok je gotov Oliverov dizajn državne zastave postojao još 1909., službena je državna zastava postala tek 22. ožujka 1913. godine.
Dok je Oliverova zastava bila omiljena u to vrijeme, postojala je alternativna državna zastava Missourija koju je Senat ozbiljno razmatrao. Ovu zastavu dizajnirao je dr. GH Holcomb. Nejasno je je li ideja zastave bila vrlo popularna među stanovnicima Missourija, ali je dokumentirano da je za usvajanje zakona kojim je određena službena državna zastava Missourija bilo potrebno nekoliko pokušaja. Godine 1913. guverner Elliot Major konačno je potpisao zakon, a zastava je postala službena.
Kako bi se razumjelo zašto je Oliverov prijedlog za državnu zastavu Missourija bio uspješan, važno je razmotriti željene kvalitete državne zastave. Većina ljudi uključenih u ovaj projekt smatrala je da alternativni dizajn koji je predložio Holcomb ne predstavlja dovoljno neovisnost države zbog sličnosti zastave s zastavom nacije. Oliverova zastava bila je simbolično bogata, uključujući niz moćnih slika, a da nije bila previše složena za reprodukciju. Te su slike, uključujući zvijezde, kacigu i medvjede, posebno odabrane da predstavljaju ideje i činjenice o Missouriju koje su se u to vrijeme smatrale vrlo relevantnim. Iako se karakter Missourija mijenjao tijekom godina, sama zastava je povijesni zapis o tome kako su ljudi vidjeli Missouri 1913. godine.
The history of the state flag of Missouri does not end in 1913, but rather continues up until the present day. For many years, the Oliver family retained the original flag sewn by the Senator’s wife, but in 1961 the flag was donated to the state. It was displayed for many years until damage due to age necessitated storage for its own preservation.
Godine 1988., 75. obljetnica stvaranja zastave potaknula je ponovno zanimanje za izvorni predmet. U znak sjećanja na taj događaj, učenici osnovnih škola u Missouriju prikupili su novac kako bi se zastava obnovila i ponovno postavila na izlaganje. Uz moderne metode arhiviranja i predanost očuvanju povijesti Missourija, zastava će vjerojatno ostati izložena u Informacijskom centru James C. Kirkpatrick State u Jefferson Cityju u Missouriju dugi niz godina.