Zuni Indijanci imaju dugu povijest kao potomci Pueblo Indijanaca na jugozapadu Sjedinjenih Država. Ljudi su živjeli u području Zunija prije 2500. godine prije Krista Povijest Zunija počinje s Indijancima Anasazi, koji su živjeli u području Zuni 1,000 godina prije nego što su prvi Europljani stigli tamo. Indijanci Anasazi živjeli su uz rijeku u današnjem zapadnom Novom Meksiku i razvili su sustav navodnjavanja i izrađivali keramiku i košare, koje su Zuni poboljšali. Oko 900. godine poljoprivredna poboljšanja Zunija izazvala su porast stanovništva, a naselja su se proširila.
Počevši od 1100-ih, pleme Zuni izgradilo je prepoznatljive pueblo stambene jedinice nalik na plaze koje su postojale stoljećima. Stanovništvo se nastavilo širiti. Negdje između 1300. i 1500. Zuni su osnovali sedam gradova diljem regije. Ovi gradovi još uvijek imaju jake veze s poviješću Zunija, jer je arhitektura ostala praktički nepromijenjena.
In 1539, Spaniard Fray Marcos de Niza came to the Zuni valley on a quest for gold and riches. Fray Marcos sent his slave Esteban ahead to speak with the tribes. Esteban wanted turquoise and Zuni women from the tribes; his demands infuriated the Zuni, and they killed him. Fray Marcos returned to Mexico and told of the “Seven Cities of Gold” that the Zuni were guarding. Though these stories had little basis in truth, the Spaniards were intrigued.
Sljedeće godine, drugi istraživač po imenu Francisco Vasquez de Coronado pokrenuo je napad na sela Zuni s topovima i mačevaocima na konjima. Brzo je savladao branitelje Zunija i zauzeo sela. Pošto nije pronašao zlato, Coronado je samo nakratko zauzeo područje prije nego što je otišao u druga područja.
U sljedećih stotinu godina španjolski istraživači prošli su dolinom Zuni u potrazi za bogatstvom. Na tom području osnovana je katolička misija. Mnoga su se plemena u regiji razljutila zbog španjolske dominacije, a 1690. Pueblo Indijanci su započeli usklađenu pobunu nazvanu Pueblo revolt. Zuni su spalili katoličku misiju, ubivši jednog fratra. Pleme se zatim povuklo na mesu zvanu Dowa Yalanne, što na jeziku Zuni znači “Kukuruzna planina”.
Nakon 12 godina u Dowa Yalanneu, Zuni su potpisali sporazum sa Španjolcima i otišli na mesu. Tako je započelo mirno razdoblje u povijesti Zunija obilježeno malo kontakta sa strancima. Zuni su napustili svoja stara sela i sagradili novi pueblo nazvan Zuni sjeverno od rijeke Zuni. Područne katoličke misije su zapuštene.
U međuvremenu je američka vlada konsolidirala svoj teritorij na jugozapadu. Godine 1850. starješine Zunija otputovale su u Sante Fe kako bi potpisale ugovor o zaštiti plemenskih zemalja. Izgradili su više sela i potpisali mirovne ugovore sa susjednim plemenima. U 1800-ima Zuni su počeli kovati i izrađivati nakit; do 1870-ih, pleme je naučilo postavljati tirkizno kamenje u srebrne narukvice, ogrlice i prstenje.
Around the turn of the 20th century, several schools were founded in the Zuni valley. The Catholic mission reopened in 1921. The Zuni collaborated with Americans to build dams and irrigation systems in the area and continued to make jewelry: by 1945, jewelry sales made up 65% of the Zuni tribe’s cash income.
Od 1980-ih do ranih 2000-ih, Zuni su bili uključeni u niz sudskih bitaka kako bi popravili američku okupaciju plemenskih zemalja i prijedlog za otvaranje rudnika ugljena u blizini svetog slanog jezera Zuni. Zuni su osvojili kontrolu nad jezerom i odštetu od 25 milijuna američkih dolara (USD). Borba za očuvanje povijesti Zunija se nastavlja dok pleme održava svoj suverenitet i otvara nove ekonomske mogućnosti za svoj narod.