Postoji nekoliko različitih vrsta hrane za akvakulturu, uključujući prirodnu i umjetnu hranu. Prirodna hrana spada u jednu od tri kategorije: prirodne životinje i biljke, otpadne ribe i živi organizmi. Uzgajivači vode uz ribu uzgajaju prirodnu životinjsku i biljnu hranu za razliku od ribe smeća, koja nije živa hrana. Živi organizmi za hranu su specijalizirana hrana koja se općenito hrani vrlo malim ribama ili proizvodima iz vodenih farmi u stadiju njihove ličinke. Neke specijalne hrane imaju dodatke, kao što su vitamini, lijekovi ili cjepiva.
Prirodne životinje ili ribe i biljke imaju nekoliko prednosti i mana. Često su ove namirnice jeftinije od nekih drugih izbora. Ribu ili druge morske plodove slobodno se mogu hraniti kad god su gladni budući da prirodni proizvodi zajedno stanuju s proizvodom iz akva farme. Uzgajivač akvakulture ima manju kontrolu nad ovom hranom za akvakulturu i ona možda neće zadovoljiti pune nutritivne zahtjeve usjeva akvakulture.
Gruba ili otpadna hrana za ribe, koja je nekomercijalna riba, skuplja je od prirodne hrane za akvakulturu. Uzgajivač vode mora uzeti u obzir trošak držanja otpadne ribe u hladnjaku ili zamrznutom. Neke ribe ili morski plodovi neće prihvatiti umjetnu hranu, pa se neki uzgajivači vode oslanjaju na otpadnu ribu. Nedostatak korištenja trash ribe je što te ribe sporo tove ribu. Dulje razdoblje između valjenja i žetve znači nižu dobit.
Proizvođači nude umjetnu hranu za akvakulturu u plutajućim ili tonućim peletima, mrvicama i pahuljicama, kao i paste i vlažne oblike. Umjetna hrana obično sadrži visok postotak ribljeg brašna. Umjetna hrana relativno brzo povećava rast. Jedan od glavnih nedostataka je to što ga uzgajivač vode mora prilagoditi za prehrambeni usjev, koristeći vrstu, dob i druge čimbenike kao smjernice. Neke ribe ili plodovi mora možda neće jesti umjetnu hranu.
Živi organizmi za hranu razlikuju se od prirodne hrane za akvakulturu jer su to mikroorganizmi poput mikroalgi, mikroskopskih životinja zvanih rotiferi i drugih. Ova vrsta hrane je korisna za tek izlegnutu ribu i stadij ličinke nekih vrsta. Ovisno o vrsti, živi organizmi za hranu mogu biti biljke ili vodene životinje. Korištenje živih organizama za hranu ima mnogo nedostataka. Tipično, osobi su potrebne posebne vještine i znanja za podizanje organizama, a proces je vrlo dugotrajan, što povećava troškove plaća.
Dodatna hrana za akvakulturu jeftinija je i obilnija od mnogih krmiva. Nisu prikladni da budu jedini izvor hrane, već nadopunjuju uobičajenu hranu. Obično ova hrana sadrži samo žitarice, kao što su soja, pšenica i riža. Nedostatak dodatnog troška dopunske hrane nadoknađen je povećanim rastom koji hrana proizvodi.
Uzgajivači vode daju svojim ribljim usjevima ljekovitu hranu za borbu protiv mnogih bolesti i drugih stresora koji napadaju zdravlje njihovih usjeva. Riba i drugi usjevi akvakulture podložni su stresu zbog prenaseljenosti, loše prehrane i drugih problema. Loša kvaliteta vode, poput niske količine kisika i visokog amonijaka ili nitrita, može utjecati na zdravlje usjeva. Proizvođači formuliraju neke ljekovite hrane za akvakulturu kako bi se suprotstavili ovim problemima. Oni dizajniraju ljekovitu hranu posebno za svaku vrstu, a uzgajivači vode moraju imati na umu to kada kupuju ovu vrstu hrane.