Anatomija reproduktivnog sustava uključuje one organe, tkiva i žile koji sudjeluju u procesu reprodukcije, odnosno nastanku jednog ili više potomaka od muškog i ženskog roditelja. Za razliku od ostalih sustava ljudskog tijela, anatomija reproduktivnog sustava značajno se razlikuje kod muškaraca i žena. Kod žena glavni organi su rodnica, maternica i jajnici, dok su kod muškaraca glavni organi reprodukcije penis, skrotum i testisi. Jajovodi i cerviks povezuju ove organe u ženskom reproduktivnom sustavu, dok kod muškaraca žile uključuju epididimis i sjemenovod. Rasprava o anatomiji reproduktivnog sustava također mora uključiti njegove najmanje jedinice, spermij u muškaraca i jajnu stanicu ili jajnu stanicu u žena.
I kod muškaraca i kod žena, anatomija reproduktivnog sustava može se podijeliti na vanjske i unutarnje organe. Ženski vanjski organ često se naziva vagina. Ovaj organ, međutim, tehnički je unutarnji kanal koji vodi mušku spermu u maternicu.
Vanjski ženski spolni organi uključuju zaštitne velike usne, velike nabore koji obavijaju preostale vanjske organe: male usne, klitoris i Bartholinove žlijezde. Male usne su manji nabori koji štite vaginalni otvor, kao i otvor za mokraćnu cijev, odnosno mokraćni trakt. Klitoris je mali, živcima ispunjen organ ispred vaginalnog otvora koji je homologan muškom penisu. Žene također imaju Bartholinove žlijezde, koje oslobađaju sekret koji osigurava početno podmazivanje penisa pri ulasku u rodnicu.
Vanjski organi muškog reproduktivnog sustava uključuju penis, testise i skrotum. Penis je organ koji omogućuje spermijima da dođu do ženskog jajašca tijekom spolnog odnosa, odnosno vaginalne penetracije. Gusta s krvnim žilama, postaje uspravna tijekom uzbuđenja zbog navale krvi u regiju, omogućujući joj da prodre u žensku vaginu. Iza penisa je skrotum, vanjska vrećica koja sadrži i štiti uparene testise. Ovi testisi ili testisi su organi koji proizvode spermu, muške reproduktivne stanice.
Anatomija reproduktivnog sustava mora uključivati i unutarnje organe reprodukcije. Kod žena su to vagina, maternica i jajnici. Rodnica je proširivi kanal, dubok samo nekoliko centimetara, koji vodi do maternice i kroz koji dijete prolazi tijekom poroda. Na stražnjoj strani rodnice nalazi se cerviks, otvor kroz koji sperma prolazi na putu do maternice. Maternica je prostor u kojem fetus raste tijekom trudnoće, a također se može jako proširiti.
S obje strane gornjeg dijela maternice, jajovodi vode do jajnika, ženskih spolnih organa. Ti organi proizvode jajne stanice ili jajašca koja se oslobađaju svaki mjesec kako bi ih muški spermij oplodio. Ako se to ne dogodi, izbacuju se iz tijela zajedno sa sluznicom maternice, gdje bi se oplođeno jajašce ugradilo nakon začeća, u obliku menstruacije.
Unutarnja anatomija muškog reproduktivnog sustava uključuje uretru, sjemenovod i epididimis. Počevši od otvora na vrhu penisa, uretra je unutarnja žila koja izvodi sjemenu tekućinu, tekućinu koja sadrži spermu i mokraću iz tijela. Vodi do sjemenovoda, cijevi koja dovodi sjeme u mokraćnu cijev.
Epididimis je skladišna jedinica testisa. Nalazi se iza svakog testisa i predstavlja cijev u kojoj se nalaze spermije koje proizvode testisi dok ne budu dovoljno zreli da mogu oploditi žensko jajašce. Tijekom uzbuđenja, te se stanice oslobađaju iz epididimisa u sjemenovod, gdje se miješaju sa sjemenom tekućinom i formiraju sjemenu tekućinu koja će se tijekom ejakulacije ispuštati u žensku rodnicu.