Osnovne komponente računovodstva neprofitnih organizacija čine prihodi u obliku donacija i rashodi koji se odnose na dobrotvorne programe i usluge. Za razliku od obične korporacije, neprofitna organizacija ne proizvodi i ne prodaje proizvod, niti vrši zalihe niti obračunava trošak prodane robe. Umjesto toga, računovodstveni sustav za neprofitne organizacije bavi se izvorima prihoda, ograničenjima na korištenje sredstava i kategoričnom raspodjelom troškova između izravnih i neizravnih troškova programa.
Neprofitni je posao bez profitnog motiva. Njegova operativna svrha je pružanje javne usluge. Iako je neprofitna organizacija pravno korporacija i djeluje u financijskom okruženju koje ima iste karakteristike kao i obična profitna korporacija, računovodstveni ulazi su različiti. Umjesto proizvoda, ima programe. Donacije zamjenjuju prodaju na knjigama u kategoriji prihoda. Imovina i obveze mogu izgledati isto u oba slučaja, ali neprofitne organizacije često imaju ograničenja u pogledu imovine i specijalizirane uvjete za obveze zbog kojih se u financijskim izvještajima tretiraju ili procjenjuju drugačije.
Osnovna razlika u računovodstvu neprofitnih organizacija je u izvorima prihoda. Obična neprofitna organizacija ima prihod od pojedinačnih donacija, potpora od zaklada i korporacija te potpora i ugovora od državnih agencija. Može prikupljati naknade za programe i uzimati zajmove. Najvažnija računovodstvena briga su ograničenja koja se postavljaju na te izvore prihoda koji se moraju ispravno voditi u knjigama.
Neprofitni prihodi su ili ograničeni ili neograničeni. Prihod koji je ograničen znači da se može koristiti samo za pokrivanje određenih troškova ili za određene svrhe. Na primjer, potpora od zaklade obično dolazi s ugovorom koji ograničava korištenje sredstava na izravne troškove za program koji se izvodi u tekućoj godini. To znači da se sredstva ne mogu prenijeti u drugi program, koristiti za plaćanje općih režija ili primijeniti za pokrivanje proračunskih manjkova iz prethodne godine. Računovodstvo neprofitnih organizacija mora uzeti u obzir sva ova ograničenja i pravilno dodijeliti prihod rashodima koje zakonski može pokriti.
Nadalje, neprofitni rashodi često su ograničeni ograničenjima na izvore prihoda. Na primjer, državna potpora za program može odrediti da se za putne troškove povezane s programom ne može koristiti više od dva posto ukupnog iznosa. Državne potpore ponekad su ograničene na pokriće određenih vrsta troškova u cjelini kada nadležnost o kojoj je riječ zabranjuje trošenje javnog novca na određene načine, poput određenih vrsta medicinskih tretmana. Najproblematičnije ograničenje troškova u računovodstvu neprofitnih organizacija odnosi se na iznos programskog novca koji se može dodijeliti na administrativne ili neizravne troškove. Mnoge potpore određuju maksimalni postotak koji se može usmjeriti na ove vrste troškova, što se mora pratiti kao dio računovodstvenog sustava.