16S rDNA je dio prokariotske DNK koji kodira gen koji se nalazi u svim bakterijama. Bakterije su prokariotske, što znači da ne sadrže staničnu jezgru ili organele, tako da DNK slobodno pluta unutar ovih jednostaničnih organizama. Gen 16S rDNA kodira lanac RNK koji čini dio ribosoma. Ovaj lanac RNK naziva se ribosomska RNA ili rRNA. R u 16S rDNA također označava ribosomski i pokazuje da je to gen koji kodira dio ribosoma unutar bakterijske stanice.
Ribosomi se sastoje od dvije podjedinice, male podjedinice i velike podjedinice. Kada se dvije podjedinice spoje, glasnička RNA (mRNA) se hrani i prevodi u proteine. Unutar bakterijskih stanica rRNA transkribirana iz 16S rDNA gena tvori malu podjedinicu ribosoma. Geni 23S rDNA i 5S rDNA kodiraju rRNA koja čini veliku podjedinicu ribosoma.
Postoji nekoliko razloga zašto se gen 16S rDNA smatra korisnim. Prvi je da većina znanstvenika sada koristi DNK za karakterizaciju organizama umjesto da koristi fizička svojstva. Drugo, ovaj gen se nalazi samo unutar bakterijskih stanica, što znači da je koristan za identifikaciju je li stanica bakterijska ili iz biljke, životinje ili gljive. Konačno, prilično je kratak u usporedbi s drugim genima koji se nalaze u bakterijama, što ga čini puno lakšim i jeftinijim za sekvenciranje.
Gen 16S rDNA jedan je od najkonzerviranijih gena od svih. To znači da je doživjela vrlo male promjene tijekom vremena, ili da se vrlo malo razlikuje od stanice do stanice. Čak i organizmi koji su u dalekom srodstvu, ili koji su evoluirali davno, imaju 16S rDNA sekvence koje su vrlo slične.
Znanstvenici koriste ovaj gen, kao i druge ribosomske gene, za mjerenje taksonomije, filogenije i stope divergencije. Taksonomija je metoda znanstvenog razvrstavanja organizama u slične svojte ili skupine. Filogenija se bavi evolucijskim odnosima između organizama. Stopa divergencije metoda je procjene brzine kojom su različite vrste bakterija nastale i odstupile od svojih predaka.
Unutar mikroorganizama, proučavanje gena 16S rDNA korišteno je da se pogleda kako su jednostanični organizmi povezani. Posebno se primjećuju sve varijacije u genu i uspoređuju s drugim bakterijskim stanicama. Ispitivanje ovih razlika omogućuje istraživačima da formiraju evolucijske veze između različitih organizama.