Postoji nekoliko vrsta enzima probavnog sustava, a svaki je dizajniran za razgradnju različitih dijelova hrane, koji se mogu naći na različitim točkama u probavnom sustavu. Glavne kategorije enzima su amilaza, lipaza, proteaza i nukleaza. Žlijezde u ustima, želucu, tankom crijevu i gušterači luče neke ili sve od njih dok hrana prolazi kroz probavni trakt tako da se može razgraditi i koristiti u tijelu. Većina probavnih enzima nalazi se u soku gušterače, iako su također prisutni u slini i želučanim probavnim sokovima.
Jedan od prvih enzima koji pokreće proces probave je amilaza. Ova vrsta enzima je dizajnirana da razgradi ugljikohidrate u jednostavne šećere koje tijelo može obraditi. Najprije ga žlijezde slinovnice izlučuju u usta, gdje počinje probavljati hranu poput voća, povrća i graha. Više amilaze tada proizvodi gušterača i šalje je u tanko crijevo, gdje nastavlja pomagati u razgradnji ugljikohidrata. Postoji nekoliko potkategorija amilaze, od kojih je svaka dizajnirana za obradu određenih vrsta ugljikohidrata; na primjer, laktaza razgrađuje mliječne šećere, a saharaza razgrađuje složene škrobove i šećere.
Proteaza je skupina enzima probavnog sustava koja razgrađuje proteine sadržane u mesu, orašastim plodovima i sirevima. Želudac i gušterača stvaraju proteazu, pa prerada proteina počinje dalje u probavni sustav nego ugljikohidrata. Protein se mora razgraditi na aminokiseline, koje su ključne za funkcioniranje svih stanica. Glavne vrste proteaza koje se nalaze u ljudskom tijelu su pepsin i peptidaza.
Još jedan od enzima probavnog sustava je lipaza. Funkcija lipaze je razgraditi masti, poput onih koje se nalaze u uljima, mesu i mliječnim proizvodima. Nešto lipaze stvara se u ustima i želucu, ali većina dolazi iz gušterače i obavlja svoj posao u tankom crijevu. Ovdje radi s žuči koju stvara jetra, koja emulgira velike molekule masti, čineći ih manjim kako bi je lipaza mogla dalje razgraditi na glicerol i masne kiseline.
Gušterača također stvara posljednje enzime probavnog sustava, nukleazu. Ovaj enzim je napravljen za razgradnju nukleinskih kiselina kao što su DNK i RNA. Djeluje tako da razdvaja veze između nukleotida, koji zatim oslobađaju dušik i jednostavne šećere.