Želudac te tanko i debelo crijevo glavni su probavni organi, ali ne bi funkcionirali bez pomoći drugih organa i žlijezda. Pomoćni organi probavnog sustava su oni koji na neki način pomažu u probavi, uključujući proizvodnju i izlučivanje probavnih enzima. Ti organi uključuju gušteraču, jetru i žučni mjehur, kao i nekoliko različitih žlijezda.
Bez pomoći pomoćnih organa probavnog sustava, probava se ne bi dogodila u želucu ili tankom crijevu. Svaki organ i žlijezda imaju vrlo specifičnu ulogu u sustavu. Na taj način oni su jednako bitni za proces kao i glavni organi u kojima se probava zapravo odvija.
Gušterača proizvodi sokove gušterače, koji sadrže nekoliko različitih probavnih enzima. Ovaj organ leži neposredno ispod želuca i izlučuje sokove gušterače izravno u dvanaesnik tankog crijeva. Različiti enzimi unutar sokova gušterače odgovorni su za probavu proteina; lipidi ili masti; a ugljikohidrate u svoje najmanje jedinice kako bi se mogli apsorbirati u tijelo. Sokovi gušterače također sadrže natrijev hidrogenkarbonat, koji pomaže neutralizirati želučanu kiselinu kako se enzimi ne razgrađuju.
Jetra je najveći organ u tijelu i ima nekoliko različitih uloga u održavanju zdravlja i stabilnog stanja. Kao jedan od pomoćnih organa probavnog sustava, uključen je u probavu masti koje se nalaze u hrani. Da bi to učinio, proizvodi zelenu, vodenastu tekućinu zvanu žuč. Zelena boja žuči dolazi od pigmenta koji se zove bilirubin. To nastaje kada se stare ili oštećene crvene krvne stanice razgrađuju u jetri.
Žuč se kontinuirano proizvodi u jetri i pohranjuje se u žučnom mjehuru. Kada je potreban za probavu, prazni se iz žučnog mjehura u dvanaesnik kroz žučni kanal. Iako u žuči nema enzima, ona sadrži žučne soli koje su neophodne za probavu masti i lipida.
Žučne soli emulgiraju masti, što znači da ih dijele na manje kapljice slično onome što se vidi kada se deterdžent doda mastima i vodi. Lipaza, koju proizvodi gušterača, je enzim koji provodi probavu lipida u masne kiseline. Manje kapljice masti koje su nastale djelovanjem žučnih soli čine probavu lipazom puno lakšom i učinkovitijom.