Postoji mnogo različitih vrsta aminokiselina, koje djeluju kao osnovne strukturne jedinice proteina i služe mnogim drugim važnim biološkim funkcijama. Grupirani su u nekoliko kategorija na temelju nekoliko različitih čimbenika, kao što su mehanizmi putem kojih se sintetiziraju i mogu li se ili ne mogu dobiti putem prehrane. Sve aminokiseline sadrže aminsku skupinu ili spoj koji ima dušik s usamljenim parom elektrona. Oni također imaju skupinu karboksilne kiseline, a to su kiseline koje uključuju spoj vezan na atom ugljika, atom kisika i molekulu hidroksida. Različite vrste razlikuju se po bočnom lancu koji je jedinstven za svaku aminokiselinu.
Različite vrste aminokiselina obično se grupiraju u standardne i nestandardne aminokiseline. Standardne aminokiseline nastaju kroz normalne biološke procese kroz koje se genetske informacije sadržane u DNK transkribiraju u RNA i prevode u aminokiseline. Postoji 20 aminokiselina koje se proizvode takvim standardnim biološkim procesima, dok se druge dvije standardne aminokiseline proizvode specijaliziranijim procesima sinteze, čime ukupan broj standardnih aminokiselina iznosi 22.
Nestandardne aminokiseline, s druge strane, ne nastaju normalnim putem transkripcije i translacije. Obično su modificirane verzije standardnih aminokiselina; prolaze kroz neki oblik posttranslacijske modifikacije koja se odvija nakon normalnih faza proizvodnje proteina. Proteini koji imaju vrlo specifične funkcije ili se moraju vezati na specifične molekule često sadrže nestandardne aminokiseline, budući da 22 standardne aminokiseline nisu dovoljno specijalizirane.
Različite vrste aminokiselina također su grupirane na temelju prehrambenih potreba raznih životinja, obično ljudi. Esencijalne aminokiseline, kao što je fenilalanin, tijelo ne može sintetizirati pa se moraju konzumirati kao dio prehrane kako bi se održalo zdravlje. Neesencijalne aminokiseline, kao što je alanin, tijelo može sintetizirati tako da ne moraju nužno biti uključene u prehranu. Izrazi “bitni” i “nebitni” ne odnose se na njihovu važnost; obje vrste su neophodne. To se samo odnosi na činjenicu da je jedan bitan dio prehrane osobe dok drugi nije.
Aminokiseline se mogu podijeliti u kategorije na temelju mnogih različitih svojstava. Jedna osobina koja se obično koristi u biokemiji je struktura aminokiselina. Različite aminokiseline grupirane su zajedno na temelju određenih atoma ili molekula ili strukturnih rasporeda koje sadrže. Dvije različite strukturne kategorije su aromatske aminokiseline i aminokiseline koje sadrže sumpor.