Industrijski mikrobiolog, koji se ponekad naziva i biotehnolog, koristi mikroskopske organizme u proizvodnji i proizvodnji tržišnih proizvoda za komercijalnu upotrebu. Ova pozicija se koristi u izradi mnogih uobičajenih kućanskih predmeta, poput sredstava za čišćenje, antibiotika i prehrambenih proizvoda. Zahtjevi za posao razlikuju se ovisno o industriji zapošljavanja i mogu zahtijevati od zaposlenika da provode istraživanje i razvijaju nove proizvode pomoću mikrobnog inženjeringa. Mikrobiologi su zaposleni u svim aspektima prehrambene industrije, farmaceutskih tvrtki i sustava obrade otpada.
Organizmi koji se obično koriste u ovoj vrsti proizvodnje su gljive, virusi, protozoe, bakterije i alge. Ti se mikrobi mogu koristiti za razgradnju većih organskih materijala i sintetiziranje novih spojeva kroz njihovu prirodnu sposobnost pokretanja novih kemijskih reakcija u materijalima s kojima su u interakciji. Industrijski mikrobiolog je osposobljen za izradu ovih reakcija u kontroliranom okruženju za različite svrhe. On također može biti zabrinut za zaštitu proizvoda od invazije tih organizama. Na primjer, antibakterijski proizvodi i konzervansi osmišljeni su da spriječe rast bakterija na površinama i u nekim namirnicama.
Industrije koje zapošljavaju industrijskog mikrobiologa uključuju gospodarenje otpadom, pivovare, pekare i farmaceutske proizvode, među ostalim. Alge i bakterije se prirodno hrane organskim izmetom i često se unose u postrojenja za obradu otpada kako bi pročistili vodu i razgradili veće količine otpada. Kvasac je mikroskopski oblik života koji je odgovoran za proces fermentacije koji stvara alkoholni sadržaj piva i veći dio njegovog okusa. Ovaj kućanski organizam također je razlog zašto se kruh, kiflice i tijesto dižu kada se ostave da sjednu i zagriju. Različite vrste antibiotika nastaju procesom fermentacije mikroorganizama poznatih kao aktinomiceti.
Ti su biotehnolozi ključni u proizvodnji većine cjepiva. Cjepivo se obično stvara izolacijom određenih dijelova virusne DNK i ubrizgavanjem u zdravu osobu. Imunološki sustav tijela analizira stranu DNK i počinje proizvoditi antitijela koja će je uništiti. Kada se cijepljeni pacijent u konačnici susreće s punim oblikom virusa, potencijalnim izlaganjem zaraženoj osobi, njegovo je tijelo već spremno za borbu protiv bolesti. Na primjer, virusni soj gripe mijenja se sezonski i mora se redovito stvarati novo cjepivo za borbu protiv svakog novog soja jer inficira opće stanovništvo.
Industrijski mikrobiolog može biti odgovoran za istraživanje, testiranje proizvoda, kontrolu kvalitete, razvoj proizvoda i genetski inženjering. Ovaj put u karijeri zahtijeva završetak post-srednjoškolskog obrazovanja s predmetima koji se usredotočuju na biologiju, mikrobiologiju i biokemiju. Neki poslovi također zahtijevaju da kandidati posjeduju i magisterij iz mikrobiologije, iako to nije industrijski standard.