Ekološko pčelarstvo je proces uzgoja pčela bez upotrebe pesticida, herbicida i drugih neprirodnih ili štetnih tvari. Kako bi pčelarstvo odgovaralo definiciji organskog, pčele se moraju uzgajati korištenjem potpuno prirodnih materijala i metoda, uz brigu o održavanju zdravlja pčela i niskoj razini stresa. Važno je napomenuti da pčelar svoj trud može smatrati organskim čak i ako ne ispunjava sve ove standarde. On obično mora zadovoljiti te standarde, međutim, ako želi da njegov pčelarski projekt bude certificiran organski.
Okosnica ekološkog pčelarstva je osigurati da proizvodi i tvari koje se koriste za košnice budu sigurni za pčele i pčelara. Ako pčelar ili njegove pčele ne mogu njime rukovati ili ga sigurno konzumirati, ne spada u ekološko pčelarstvo. Pesticidi i herbicidi su među stvarima koje su zabranjene u ekološkom pčelarstvu. Ove tvari mogu djelovati na slabljenje imunološkog sustava pčela, što povećava vjerojatnost razvoja bolesti.
Mjesto košnice često igra značajnu ulogu u tome hoće li se pčelarstvo smatrati organskim ili ne. Standardi certificiranja ekološkog pčelarstva mogu zahtijevati da košnica bude unutar određene udaljenosti od prirodne vegetacije ili zemljišta koje se obrađuje organskim metodama. Na primjer, neki standardi certificiranja zahtijevaju da operacija ekološkog pčelarenja ima najmanje tri milje (4.82 kilometra) ekološkog poljoprivrednog zemljišta ili prirodnog biljnog svijeta oko sebe. To pomaže da se osigura da će pčele ograničiti svoje hranjenje na ova područja jer je malo vjerojatno da će letjeti dalje u potrazi za hranom.
Ekološko pčelarstvo također zahtijeva od pčelara korištenje košnica koje su izgrađene isključivo od prirodnih materijala. Na primjer, ekološki pčelar može izgraditi košnicu od neobojenog drveta. Međutim, ekološki pčelar ne staje samo na konstrukciji košnice. Također koristi alate koji su sigurni za kontakt s hranom i bez potencijalnih zagađivača.
Da bi se označio organskim poslom, uzima se u obzir i način na koji pčelari beru proizvode košnice. Organski pčelar ostavlja malo meda u košnici prilikom berbe, osiguravajući da se pčele mogu hraniti njime kada je vrijeme vrlo hladno ili suho. Često pčelari pomažu nadopuniti prehranu svojih pčela osiguravajući zalihe šećerne vode. Ekološki pčelar izbjegava ovu praksu jer zna da to nije zdravo za njegove pčele. Organski pčelari također ostavljaju dio originalnog saća pčelama kada uklanjaju pčelinji vosak, čime se smanjuje stres za pčele.