Kako bi obrada čeka funkcionirala, obično se odvija nekoliko zasebnih transakcija. Prvi korak u procesu dolazi kada je ček odobren od strane osobe ili subjekta koji je naveden na tekućem računu. Banka koja upravlja tekućim računom obično potvrđuje bankovni broj čeka, broj tekućeg računa i iznos čeka koji je dostavila osoba ili entitet. Nakon provjere čeka, tvrtka za obradu plaćanja prosljeđuje sredstva na poslovni račun trgovca. Dok neki trgovci imaju svoje sustave za obradu čekova, neki odlučuju koristiti sustav treće strane kako bi olakšali transakciju od početka do kraja.
Tipično, osoba ili entitet plaća čekom na jedan od tri načina. Kada se transakcija obavlja osobno, kupac koristi papirnati ček koji prodavač obrađuje na licu mjesta. U nekim situacijama kupci odlučuju slati plaćanje čekom putem pošte, pri čemu proces transakcije funkcionira na isti način kao da je plaćanje primljeno osobno. Drugi način plaćanja transakcije čekom je putem internetske transakcije gdje se iznos kupnje skida s računa na temelju usmjeravanja i provjeravanja brojeva računa.
Proces je gotovo isti bilo da se plaćanje čekom događa osobno, poštom ili putem interneta. Broj bankovnog rutiranja, broj tekućeg računa i iznos kupnje prolaze kroz elektronički sustav. Platna transakcija se obično objavljuje na bankovnom izvodu klijenta s brojem čeka ili identifikacijskim kodom koji označava da je obrađeno plaćanje elektroničkim čekom.
Vrijeme koje je potrebno da obrada čeka funkcionira može varirati ovisno o varijablama kao što su trgovac, bankarska institucija i sofisticiranost transakcije obrade. Transakcija obrade čeka obično se dovršava na korisničkom računu u roku od jednog do tri dana. Međutim, ovaj proces može potrajati dulje između trgovca i sustava treće strane.
Postupak obrade čekova obično ovisi o sofisticiranosti sustava za obradu čekova. Ponekad se iznos plaćanja obrađuje odmah. U drugim slučajevima, tvrtka za obradu može zadržati sredstva dok se platna transakcija ne dovrši. Za druge sustave koji transakciju ne obrađuju trenutno niti zadržavaju sredstva, proces bi mogao potrajati do tri dana.
Banka može odobriti ili odbiti plaćanje. To bi moglo ovisiti o financijskim ugovorima između banke i klijenta. Ako kupac i banka nemaju predugovor za pokrivanje plaćanja, nedovoljno sredstava može dovesti do terećenja trgovca. Obično tvrtka za obradu plaćanja trgovcu naplaćuje naknadu za vraćeni artikl.
Neki klijenti mogu imati zaštitu od prekoračenja, što ovlašćuje banku da odobri plaćanje iako na računu nema dovoljno sredstava. Općenito, prijenos sredstava s zasebnog računa za pokrivanje iznosa, zajedno s dodatnim naknadama za obradu. Metoda obrade čekova obično se neće promijeniti iz perspektive sustava treće strane.