Očuvanje šišmiša pojam je koji opisuje napore zabrinutih pojedinaca da pomognu ojačati ugrožene populacije šišmiša diljem svijeta. Prema riječima stručnjaka, šišmiši su ugroženi iz mnogo razloga, uključujući uništavanje staništa, korištenje pesticida i bolesti. Kako bi zaštitili šišmiši, ljudi su učinili sve, od donošenja zakona za zaštitu njihovih staništa, do istraživanja prijetnji populaciji šišmiša, do podučavanja ljudi o šišmišima u nastojanju da generiraju javnu potporu za očuvanje.
U svijetu postoji mnogo različitih vrsta šišmiša, a mnogi od njih imaju potpuno različite prehrane, što rezultira vrlo različitim ulogama u ekosustavu. Na primjer, mnogi šišmiši prvenstveno služe kao grabežljivci kukaca, dok drugi mogu jesti voće, služeći ekosustavu širenjem sjemena i održavajući šume zdravim. Stručnjaci u većini slučajeva smatraju da mnoge od tih uloga ne bi nužno mogle ispuniti druge životinje ako bi šišmiši izumrli, a neki stručnjaci smatraju da bi potencijalne posljedice takve pojave mogle biti iznimno teške. Zabrinutost u vezi s tim opasnostima jedna je od glavnih pokretačkih snaga mnogih napora za očuvanje šišmiša.
Neki šišmiši žive na drveću dok drugi žive u špiljama, a najveća prijetnja šišmišima općenito je uništavanje staništa. Ponekad uništavanje staništa direktno šteti šišmišima, uništavajući mjesta na kojima žive, dok u drugim slučajevima može biti i neizravnije. Na primjer, kada ljudi unište močvare i druga područja u kojima se insekti razmnožavaju u velikom broju, smanjenje populacije insekata može dovesti do nestašice hrane za šišmiše. Drugi problem je što neki špiljski šišmiši žive i unutar starih zgrada, a kada se te zgrade sruše, šišmiši gube svoje domove. U nekim su područjima čak doneseni i zakoni o očuvanju šišmiša, koji postavljaju ograničenja na uništavanje bilo koje zgrade koju šišmiši koriste kao sklonište, a neki ljudi postavljaju mala skloništa za šišmiše na svojim osobnim posjedima kako bi nadoknadili ove gubitke staništa.
Još jedna velika prijetnja šišmišima je gljivična infekcija poznata kao sindrom bijelog nosa, a mnogi napori za očuvanje šišmiša posvećeni su boljem razumijevanju bolesti. Sindrom bijelog nosa dovodi do rasta gljivica na različitim dijelovima tijela, uključujući usta, i može uzrokovati da šišmiši napuste svoja gnijezda tijekom sezone hibernacije, što u konačnici dovodi do gladovanja i smrti. Neki stručnjaci smatraju da bi za brzo širenje ove gljivice mogli biti prvenstveno odgovorni ljudski speleolozi, iako to nije nužno sigurno. Neki stručnjaci sugeriraju da bi ljudi trebali izbjegavati špilje dok se bolest bolje ne razumije, dok su drugi jednostavno pozvali ljude da nikada ne nose istu odjeću u dvije različite špilje.