Financiranje neprofitnih organizacija može doći s mnogih mjesta. Bespovratna sredstva i ugovori često osiguravaju velik dio sredstava organizacije. Naknade za klijente i komercijalni pothvati omogućuju organizacijama da zarade i sredstva za programe.
Zakladne i državne potpore često osiguravaju značajan dio financiranja neprofitnih organizacija. Agencije često pripremaju prijedloge za dodjelu bespovratnih sredstava prilikom provedbe novog programa kako bi zatražile financijsku pomoć od vlade ili zaklade. Ako joj se dodijeli bespovratna sredstva, organizacija će dobiti iznos novca koji će se potrošiti za određene svrhe na temelju prijedloga i određenog izvora financiranja. Obnavljanje bespovratnih sredstava može biti dostupno kada se potroše početna sredstva.
Ugovori, posebno državni ugovori, uobičajeni su izvor financiranja za neprofitne organizacije. Ako neprofitna agencija pruža uslugu koja bi mogla biti korisna drugim organizacijama, kao što je prijevoz za osobe s invaliditetom, agencija može dobiti ugovor od vlade ili druge organizacije za pružanje usluge. Ugovor općenito propisuje duljinu vremena i postupak plaćanja. Popularne vrste ugovora uključuju nadoknadu troškova, ugovore o uspješnosti i upravljanoj skrbi, a vrsta koja se koristi određuje izračun plaćanja.
Suprotno uvriježenom mišljenju, neprofitna organizacija može ostvariti profit sve dok troši sredstva na pružanje usluga svojim klijentima. Naplata klijentskih naknada za pružene usluge može biti glavni izvor financiranja neprofitne organizacije. Nije neuobičajeno da klijentske naknade pokrivaju djelomične ili potpune troškove programa. U nekim slučajevima, naknade prikupljene od popularnog programa mogle bi osigurati dovoljno sredstava za pokrivanje troškova drugih programa koje vodi organizacija.
Uz naknade klijentima, komercijalni pothvati ponekad osiguravaju financiranje neprofitnih organizacija. Neke dobrotvorne organizacije prodaju robu kako bi zaradile novac za svoje programe. Na primjer, zajednica umirovljenika može prodavati obrte koje su stvorili stanovnici. Kako bi izbjegli gubitak neprofitnog statusa oslobođenog poreza, komercijalni pothvat mora se izravno odnositi na misiju organizacije i posao ne može postati prevelik. Izlozi internetskih trgovina popularna su mjesta za komercijalne pothvate neprofitnih organizacija jer njihova implementacija ili održavanje malo koštaju.
Dobrotvorni podsjetnici i programi ostavštine također pružaju dugoročno financiranje neprofitnih organizacija. U dobrotvornim fondovima za podsjetnike, donatori daju dionice, obveznice ili gotovinu organizaciji, primajući oslobođenje od poreza i zajamčeni prihod doživotno. Nakon što donator umre, organizacija prima ostatak povjerenja. Slično, programi ostavštine omogućuju ljudima da ostave dio svoje imovine organizaciji. Donatori u biti uključuju organizaciju u svoje oporuke, a organizacija prima donaciju kada donator umre.